Предлог свыше в такой конструкции делает ее аграмматичной, поскольку он требует от существительного формы родительного падежа, а глагол помочь — формы дательного падежа. Рекомендуется отредактировать предложение: Мы помогли более чем двум тысячам детей в сложной ситуации; Мы поддержали свыше двух тысяч детей в сложной ситуации.

Вы написали правильно. 

При подлежащем – количественном сочетании со значением приблизительности предпочтительна форма единственного числа сказуемого: Ежегодно на объектах проводится свыше 300 учебно-тренировочных заданий. Однако это не строгое правило, а рекомендация. 
Вы можете подробнее прочитать о единственном и множественном числе сказуемого в «Письмовнике».
Обратите также внимание на то, что проводятся обычно занятия, а не задания.