Знаки препинания при оформлении перечней регламентированы в особом разделе «Правил русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина. Здесь можно найти ответы на заданные вопросы.
В параграфе 26 справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина говорится, что если союз и повторяется дважды, то при однородных членах предложения, образующих тесное смысловое единство, запятая может не ставиться. В сочетании и вместе и порознь обстоятельства образуют тесное смысловое единство.
Действительно, запятые нужны, так как несогласованные определения обособляются, если относятся к сочетаниям существительных и распространяющих их необособленных определений, — см. параграф 54 справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.
Тире не обязательно, но оно может быть поставлено для подчеркивания противопоставления ситуаций.
Нужно обособить оборот с предлогами от... до..., поясняющий сочетание на самых различных грунтах: Они обитают на самых различных грунтах, от литорали до ультраабиссальных глубин Мирового океана, и ввиду значительной численности являются важным компонентом морских экосистем.
Знак препинания — запятая или тире — нужен, так как имена и отчества выступают в роли поясняющих приложений к сочетанию супругов Быковых.
При такой постановке знаков междометие ах принадлежит автору (выступает в роли вставной конструкции). Чтобы показать, что оно принадлежит Таисии, его нужно оформить как прямую речь: Таисия испуганно вскрикнула: «Ах!» — и бросилась бежать прочь. Обратите внимание, что наречие испуганно пишется с двумя н.
Возможны варианты: документ подписан ректором, действовавшим на основании приказа ректора или документ подписан ректором, действующим на основании приказа ректора. Выбор формы причастия зависит от актуальности полномочий ректора.
Общее правило, по которому запятая в сложносочиненном предложении ставится перед союзом и во всех случаях, кроме особо оговоренных, содержится и в «Правилах русской орфографии и пунктуации» 1956 года (§ 137), и в справочнике Розенталя (§ 104), и в «Правилах русской орфографии и пунктуации» под редакцией В. В. Лопатина (§ 112).