Определительный оборот от природы умный, самостоятельный, относящийся к сочетанию русский генерал, имеет добавочное обстоятельственное значение причины и обособляется; внутри этого оборота запятая между определениями от природы умный и самостоятельный ставится потому, что они однородны.

В контексте «В заключение хочу сказать...» слово заключение может являться как частью предлога в заключение (с существительным, застывшим в форме винительного падежа), так и существительным в форме предложного падежа (в заключении). Ср.: в заключение (чего) (под конец, заканчивая); но: в заключении (в заключительной части; в тюрьме). 

Корректно: 1) Часть 2 статьи 35 ВК РФ гласит: «1. Поддержание поверхностных и подземных вод в состоянии, соответствующем требованиям законодательства, обеспечивается путем установления и соблюдения нормативов допустимого воздействия на водные объекты». 2) Пункты 8.2.5 и 8.2.21 СП 32.13330.2018 устанавливают следующее: «8.2.5. К каждому насосу следует предусматривать самостоятельный всасывающий трубопровод. Размеры приемного резервуара и размещение всасывающих трубопроводов следует принимать в соответствии с СП 31.13330»; «8.2.21. Диаметр всасывающего трубопровода следует предусматривать больше диаметра всасывающего патрубка насоса».