Верно: Установить тарифы на водоотведение для муниципального предприятия «Кран» при поставщике холодной воды – государственном предприятии «Вода».  Слова государственном предприятии стоят в том же падеже, что и слова поставщике холодной воды (предложном).

Это слово может писаться с прописной (большой) буквы в текстах документов (например, договоров), если в начале текста указано, что это слово заменяет полное официальное название организации, например: Договор заключен между компанией «Ромашка» (далее — Компания) и Ивановым Иваном Ивановичем...

Также это слово пишется с большой буквы в начале предложения и если является первым в собственном наименовании, например: ООО «Компания "Ромашка"».

Правильно слитное написание: микроТСП. Первая часть сложных слов микро... пишется слитно; слитные написания со следующей после начальной части слова группой прописных букв не подлежат замене дефисными написаниями.