Все верно, запятая не требуется именно по этой причине.

Зададимся сначала вопросом: зачем мы определяем, к какому спряжению относится глагол? С единственной целью: узнать, как правильно писать безударные личные окончания глаголов. Поэтому спряжение определяется по неопределенной форме только у глаголов с безударными личными окончаниями, и исключениями являются глаголы с безударными личными окончаниями. Если же личные окончания глагола ударные, то никаких трудностей в написании они не вызывают, а следовательно, нам не надо думать о том, к какому типу спряжения относится глагол. У глаголов с ударными личными окончаниями спряжение и определяется по окончаниям. Поэтому глаголы пить, бить, жить, лить относятся к первому спряжению, а, например, такие слова, как греметь, звенеть, лететь, свистеть, гореть и мн. др. (у которых неопределенная форма оканчивается на -еть) – ко второму спряжению.

На наш взгляд, затруднения в использовании союзного оборота в том числе имеют логико-понятийную природу. Добавление но не ограничиваясь излишне (за исключением случаев, когда воспроизводится чья-либо речь или воплощается некий авторский замысел).

При «встрече» сочинительного союза и подчинительного (или союзного слова) запятая между ними ставится или не ставится в зависимости от некоторых условий. Основанием для непостановки запятой служит то обстоятельство, что вторую придаточную часть нельзя без ущерба для смысла изъять из текста или переставить в другое место — в конец сложноподчиненного предложения. Так, запятая, как правило, не ставится после противительного союза а, даже если дальше не следует вторая часть двойного союза то, поскольку ни изъятие, ни перестановка придаточной части невозможны без перестройки главной части: Печально поглядывал он по сторонам, и ему становилось невыносимо жаль и небо, и землю, и лес, а когда самая высокая нотка свирели пронеслась протяжно в воздухе и задрожала, как голос плачущего человека, ему стало чрезвычайно горько и обидно на непорядок, который заменился в природе (Ч.). О союзе но в этом правиле не упоминается, и, на наш взгляд, в предложениях с таким союзом изъятие или перестановка придаточной части вполне возможны, поэтому запятая должна быть поставлена: Он считает, что с бедным клерком можно не церемониться, но, что бы он ни думал, я не настолько уступчив, и его грубые вольности мне совсем не по душе (ср.: Он считает, что с бедным клерком можно не церемониться, но я не настолько уступчив, и его грубые вольности мне совсем не по душе, что бы он ни думал). В интересующем Вас предложении запятая нужна: Ее воодушевление по поводу этого проекта поддерживало нас с самого начала, и, поскольку она и Крис Б. являются близкими друзьями и коллегами на протяжении почти двух десятилетий, мы можем только представить, какую своевременную поддержку она оказывала Крис в критические моменты (ср.: Ее воодушевление по поводу этого проекта поддерживало нас с самого начала, и мы можем только представить, какую своевременную поддержку она оказывала Крис в критические моменты, поскольку она и Крис Б. являются близкими друзьями и коллегами на протяжении почти двух десятилетий). 

Едва ли в подобном случае можно твердо и уверенно рассуждать о грамматических предпочтениях авторов (если приведены цитаты).

Спасибо за уточнение, с которым мы вполне согласны. Однако внести изменения в уже опубликованный текст мы не можем.

Пожалуйста, воспользуйтесь этой ссылкой: http://rusgram.narod.ru/1173-1193.html#1191

О фонетических причинах перехода ударения написано в нашем ответе, который Вы процитировали. Фонетические законы очень сильные, иногда они вступают в противоречие с нефонетической логикой.