Действительно, глагол прийти раньше имел варианты написания: прийти, притти и придти; приду и прийду, придёшь и прийдёшь и под. Однако в ХХ веке была проведена унификация орфографии — избавление от орфографических вариантов. С 1934 года главным орфографическим ориентиром для учащихся и учителей становится «Орфографический словарь» Д. Н. Ушакова, в котором автор «избегает давать двоякие написания слов (например: идти и итти), а избирает из числа существующих, конечно грамотных написаний, одно то, которое представляется наиболее распространенным в настоящее время». В 1956 году выходит первый общеобязательный свод правил — «Правила орфографии и пунктуации», а также первый академический орфографический словарь — «Орфографический словарь русского языка». Одна из задач правил и словаря состояла в освобождении письма от разнонаписаний. Так что с середины 20 века написание прийдя должно считаться ошибкой. 

Толковый словарь под редакцией Д. Н. Ушакова, в котором фиксируются варианты написания слов, создавался в конце 20-х — начале 30-х годов ХХ века, когда письмо еще не было достаточно упорядочено. Авторы словаря отразили орфографическую неустойчивость своего времени. Уже в школьном орфографическом словаре примерно на 10 тысяч слов, первое издание которого вышло в 1934 году, Д. Н. Ушаков для каждого слова с неустойчивой письменной формой выбирает какое-то одно, наиболее перспективное написание. В 1956 году проводится унификация орфографии на словнике около 100 тысяч слов, выходит первое издание академического орфографического словаря. Современная норма безвариантна — пацифизм. 

Транскрипция, отражающая произношение изолированных слов, как правило, в словарях не приводится, поскольку, во-первых, произношение слова существенно зависит от его фонетического окружения, а во-вторых, отдельные особенности произношения есть у каждой формы слова. При этом существуют правила графики, позволяющие соотнести произношение слова с его написанием, и правила орфографии, целью которых является унификация написания слов вне зависимости от их конкретного произношения в определенном фонетическом окружении.

В орфоэпических словарях содержится информация о произношении тех слов, которые представляют затруднения для говорящих (акцентологические и иные орфоэпические сведения).

Запятая не нужна. Подробнее см. в ответах на вопросы № 289083 и 290853.

А зачем здесь унификация?

Такое правило нам не известно.

Сформулируйте, пожалуйста, конкретные вопросы о разнобое в написании: кавычки, пробелы, прописные и строчные буквы... Попробуем разобраться.