Смысловой, а точнее логико-понятийный, «конфликт» двух слов очевиден, и если исключено намеренное — по воле автора — их соединение, то едва ли можно признать выражение корректным.

Если, по мнению автора (редактора), без кавычек непонятно, что говорящий повторяет речь собеседника, кавычки можно поставить, в других случаях они не требуются. Сравним оформление подобных повторов в разных произведениях (примеры из книги Б. Ю. Нормана «Лингвистическая прагматика»): 

— А какая была коза! Ну, голубь, а не коза. Голубь! 
— Голубь! — отодвигаясь от бабки, огрызнулась Нюрка. — Как почнет шнырять рогами, так не знаешь, куда и деваться (А. Гайдар. Тимур и его команда).

— Чо это вас так шибко в город-то тянет? 
— Учиться… «Что тянет». А хирургом можно потом и в деревне работать (В. Шукшин. Космос, нервная система и шмат сала).

В приведенном Вами примере тот факт, что говорящий повторяет слова собеседника, очевиден и без кавычек: 
— Всё не так однозначно, Мэгги.
— Не так однозначно? НЕ ТАК ОДНОЗНАЧНО?!

Корень благополуч- в слове благополучно выделяют сторонники структурно-семантического подхода в словообразовании. При этом подходе структура производного слова определяется на основе его семантических связей в современном языке. Значение слова благополучие (от которого образовано прилагательное благополучный, производящее для наречия благополучно) ― ‘cпокойное и счастливое состояние, существование; жизнь в достатке’. Поскольку прямых семантических связей этого слова со словами благой и получение отсутствуют, слово считается непроизводным, а все непроизводные слова, по мнению представителей этого направления, являются нечленимыми.  

С диахронической точки зрения существительное благополучие образовано от двух слов (благая полука; значение ― ‘хорошая судьба, хороший случай’) и имеет два корня, первый из которых очевиден для современного носителя языка, а второй ― нет, так как он связан с утраченным глаголом лучити ‘получать назначенное судьбой’.

Сочетание близки друг другу — наиболее вероятное в этом случае. Обратимся к цитатам: «И когда он рассказывал мне о своей жизни, мне казалось, что мы уже давно знакомы и близки друг другу» [Н. С. Покровская. Дневник русской женщины (1932)]; «Юра даже не успел толком понять, так ли уж они близки друг другу» [Анна Берсенева. Возраст третьей любви (2005)]; «Они со школы еще — вроде близки друг другу, но каждый слишком был сам по себе» [И. Н. Вирабов. Андрей Вознесенский (2015)]. Другие примеры можно найти в Национальном корпусе русского языка.

На Ваш вопрос мы попросили ответить д. ф. н. М. Я. Дымарского.

Какое тебе дело до меня?

Фразеологизма здесь нет, но вся синтаксическая модель Какое дело (кому) (до кого / чего) является фразеологизированной (потому что подчеркнутые компоненты лексически строго ограничены: кроме какое дело, возможны что, какая забота — и, пожалуй, всё).

Однозначной трактовке она не поддается. С одной стороны, наличие субъектного дополнения в Д. п. (кому) типично для безличных предложений; и действительно, близкое по смыслу и по конструкции предложение Мне нет дела до тебя является безличным.

С другой стороны, близость не означает тождества: в безличном предложении Мне нет дела до тебя очевиден главный член (нет), характерный как раз для безличных предложений, а дела — в Р. п. В нашем же предложении дело в И. п., признать его можно только существительным, поскольку у него, кроме того, имеется определение (сказуемым местоимение какое признать нельзя — в отличие, например, от предложения Дело у меня к тебе вот какое). А существительные главным членом безличного предложения не бывают (бывают слова категории состояния, образованные от существительных: пора, охота / неохота, недосуг и т. п., но они существительными не являются).

Аналогично устроено предложение Что мне до ваших споров, в котором местоимение что тоже в И. п.

Таким образом, рассматриваемое предложение совмещает смысл, свойственный как раз безличным предложениям (и обладает одним очень важным свойством безличного предложения — субъектным дополнением в Д. п.), но грамматически устроено по двусоставной модели.

Если перевести предложение в план прошедшего, получим Какое мне было дело до тебя. Если уберем вопросительность (и, соответственно, вопросительное местоимение в начале), получим Мне есть дело до тебя. Причем важно, что на есть может быть логическое ударение. Это означает, что перед нами полноценное простое глагольное сказуемое со значением существования, бытия. Однако в вопросительном варианте, при появлении вопросительного местоимения и в настоящем времени, этот глагол «прячется», ведет себя подобно нулевой связке (ср.: Отец инженер — Отец был инженером). Такие сюрпризы бытийные глаголы преподносят нередко.

Вывод: это предложение, образованное по фразеологизированной синтаксической модели и поэтому не подводимое ни под одну из рубрик традиционной классификации. Грамматической основой является сущ. дело (или местоимение-сущ. что) в И. п. и нулевая форма сказуемого — бытийного глагола быть.

По значению оно ближе всего к безличным предложениям, но быть признано безличным не может.

Причины же всех этих сложностей состоят в том, что в этой конструкции, в отличие от стандартных конструкций русского предложения, наблюдается рассогласование между семантической (смысловой) и грамматической структурами. В стандартном предложении семантический субъект (то, о чем сообщается) выражается грамматическим субъектом (подлежащим): Книга оказалась очень интересной. (Здесь книга — и семантический субъект, и подлежащее.) А наше предложение нацелено на то, чтобы сообщить об отношении того, кто обозначен Д.п., к тому, кто (или что) обозначен(о) формой до + Р.п. Поэтому семантический субъект — мне, а грамматическое подлежащее — дело. Отношение же выражается всей грамм. основой.

Сходная ситуация, кстати, в предложении Ты мне больше не интересен, которое произносит Волшебник, обращаясь к Медведю, в сказке Е. Шварца «Обыкновенное чудо». Но там конструкция для анализа проще.

Если вопрос действительно кто-то задавал именно в такой форме, его нужно оформить как прямую речь внутри слов автора: Ответ на вопрос «Зачем же тогда все эти усилия?», — в общем-то, очевиден: в силу практической пользы. (См. пункт г) параграфа 136 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.) Если же это предполагаемый вопрос или нет точного указания, кто его задает и в какой форме, его нужно представить как косвенный вопрос, в виде придаточной части сложноподчиненного предложения: Ответ на вопрос, зачем же тогда все эти усилия, в общем-то, очевиден: в силу практической пользы. Сочетание в силу практической пользы в любом случае нет оснований заключать в кавычки, поскольку контекст говорит о том, что это не прямая речь и не цитата.

Примите во внимание смысловые особенности высказывания: если имеются в виду отдельные системы, то следует предпочесть форму множественного числа существительного. Если допустимо все упомянутое представить как единое целое, то и выбор формы единственного числа очевиден.

Тире в предложении нужно. Оно однозначно показывает, что сочетание в России входит в состав подлежащего, а не сказуемого. Без тире восприятие предложения будет затруднено. Ваше предложение можно подвести под правило: тире перед сказуемым-прилагательным ставится при логическом или интонационном членении предложения (Д. Э. Розенталь. Справочник по русскому языку. Пунктуация. § 5, п. 10.1). Обратите внимание: стилистически предложение небезупречно, так как и группа подлежащего, и группа сказуемого заканчиваются сочетанием предлога в с существительным со значением места. Предложение можно перестроить: Российское озеро Байкал самое глубокое в мире.

Интересный случай. Формально, если отсутствует то и можно переставить придаточную часть, то запятая на стыке союзов должна ставиться. Однако в стихотворении очевиден синтаксический параллелизм, и отсутствие то можно объяснить необходимостью сохранения ритмического рисунка. Полагаем, что это дает право не ставить запятую на стыке союзов.

Кроме проблемной запятой на стыке союзов, обращает на себя внимание запятая перед тире. Структурно этот знак избыточен. Вероятно, он может быть оправдан желанием автора пунктуационно (может быть, и интонационно) акцентировать последнюю строку.

После присоединительного союза (в начале самостоятельного предложения) запятая обычно не ставится, так как союз тесно примыкает к следующему за ним вводному слову. Однако запятая возможна при интонационном выделении вводных слов. Окончательное решение принимает автор текста.