Кавычки и прописная буква избыточны. 

Возможно, Ваш коллега использует обращение господа в ироническом ключе.

Действительно, это обращение не всегда уместно даже в деловой речи, только в особенно официальных случаях. А в примерах, которые Вы привели, не полностью соблюдается и стилистика деловой речи: обращение господа контрастирует с разговорными оборотами (например: ...какие-то непонятные задачи просроченные стоят).

Ваш вариант - с запятыми - корректен.

В этом случае вставную конструкцию лучше заключить в скобки: генерал, советник (протеже прежнего советника), стражники, солдаты...

Запятая нужна.

Правильно: увеличить время пребывания на сайте. Слов, приведенных в первых двух вариантах, не существует.

Здравствуйте. Дело в том, что старый архив ответов "Справки" сейчас закрыт, поэтому ссылки на него не работают. Сейчас мы не ссылаемся на закрытый архив, но в более ранних ответах такие ссылки, к сожалению, не редкость.

1. Однако в начале 1984 года он порвал эти отношения, и перешел в глубокое противостояние с правительством Афганистана, и начал активные действия против советских войск. 

2. Корректно раздельное написание.

Запятая не требуется, но не по причине инверсии, а потому, что придаточная часть усечена до одного союзного слова (как = «как она прекрасна») — см. пункт в) параграфа 115 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина. Обратите внимание, что в русской пунктуации при сочетании восклицательного знака и многоточия восклицательный знак ставится на месте первой точки в многоточии: Наша страна прекрасна, даже дух захватывает как!.. 

Указанная запятая нужна.