Слово маньхуа не склоняется. 

Подобные преобразования чаще всего происходят под влиянием языков-посредников (иноязычное слово ведь не всегда попадает в язык непосредственно из первоисточника). Так, в английском сосуществуют два написания: orang-outang и orang-utan. То же и во французском. Так что наличие двух вариантов у нас объясняется влиянием языков-посредников при заимствовании. А почему  у них — это вопрос к германистам и романистам. Возможно, сыграли роль особенности произношения у малайцев — что-нибудь такое гортанное или носовое. 

Действительно, глаголы близки по значению, но тем не менее семантически и стилистически различаются, что уже «предсказано» их происхождением. Глагол чужда́ться употребляется в книжной речи (прежде всего в научной), это предопределяет его семантическое разнообразие и сравнительно широкую сочетаемость. У глагола чураться интересная этимология: он образован от слова-заклинания чур и сохраняет в значении признак «бояться, остерегаться». В речевом обороте (не) чураться работы отражено именно представление о том, боится или нет человек работы.

Для выражения изъяснительных отношений в бессоюзном сложном предложении используется двоеточие: Вовремя б понять: жизнь замирала, не дав мне оторваться от корней.

Внешний фонетический облик слова мадам никак не свидетельствует о его принадлежности к женскому роду. Несклоняемые существительные, обозначающие лиц, относятся к мужскому или женскому роду в зависимости от своего значения, т. е. соотнесенности с реальным полом обозначаемого лица. Слово мадам женского рода, потому что используется как обращение к женщине.

По некоторым данным, первое слово этого названия имеет значение не "суп", а "лапша". Лапша с мясом — суп фобо. Но так или иначе, тавтологии в языке случаются, бояться их не стоит, особенно если имеешь дело с редким языком (ведь перевод вряд ли будет известен большинству носителей). Написание еще не устоялось, поэтому возможно написание и слитное, и с дефисом. Прописные не нужны, это не имя собственное (ср. салат оливье).

Да, в приведенных предложениях сочетания по Библии и по Толстому вводные, поскольку указывают на источник информации.

1. Прилагательное частнонаучные (методы) пишется слитно, так как образовано от основ слов, отношение между которыми носит подчинительный характер (частные науки).

2. Сложные слова с первой иноязычной (интернациональной) частью, кончающейся на гласную, пишутся слитно. При этом в слове может быть несколько таких частей: автомотовелогонки, астроспектрофотометрия, палеофитогеографический, космогеобиопсихосоциальная (природа человека).

3. Это сочетания наречия (отвечающего на вопрос как?) и причастия, поэтому корректно раздельное написание: дисциплинарно организованные и междисциплинарно организованные системы.

Слово кандзи́ не склоняется. Ударение ставится на второй слог, о чем свидетельствуют пометы в тематической литературе. В речи, при указании на один знак (иероглиф), может употребляться как существительное мужского или среднего рода; ср. этот кандзи, второй кандзи, одно кандзи. 

Знаки препинания не выделяют, если они относятся в равной степени и к выделенному, и к невыделенному предшествующему или последующему тексту. В Вашем примере ни запятая, ни точка не выделяются.

Подробнее об этом написано в "Справочнике издателя и автора" А. Э. Мильчина, Л. К. Чельцовой.