Покольку характеристику А. С. Пушкина как великого русского поэта можно счесть чем-то вроде постоянного эпитета, полагаем, что и в текстах официально-делового стиля она вполне уместна. 

По правилам не с глаголами всегда пишется раздельно, так что корректно только не быть. Однако логика Ваших рассуждений нам вполне понятна. Полагаем, что Вам любопытно будет прочитать статью М. Н. Эпштейна "Отрицание как утверждение. Интегральная модель написания не с глаголами и другими частями речи". https://www.emory.edu/INTELNET/dar312.htm

Полагаем, можно распространить это правило на фразу У него появится чем заняться. Глагол появиться здесь имеет значение 'начать существовать', то есть может быть отнесен к глаголам существования — к той же группе, что и глагол быть.

Тире между числами в диапазоне не отделяется пробелами, однако Ваш случае несколько сложнее. Полагаем, что пробелы нужны. 
Корректно: Исходя из уравнений (4.10 )— (4.12) получается...

Полагаем, что в таких случаях (– Если бы ты был здесь, тебя бы схватили. – Роксана выдала это без тени сомнения.) уместно оформление авторских слов как отдельного предложения, на самостоятельность которого указывает и присутствие в нем слова это. Ср.: – Если бы ты был здесь, тебя бы схватили, – без тени сомнения выдала Роксана.

Полагаем, что такие условные наименования лучше не склонять: я фанат "Фурия роха" и "Скуадра адзурра". В своей рекомендации мы исходим из того, что эти названия не являются широкоупотребительными, вследствие чего из любого контекста должна быть видна их начальная форма. При этом все прочие условия для склонения у этих наименований имеются, а слово фурия и вовсе употребляется в современном русского языке как склоняемое существительное. 

Полагаем, что вполне корректно: отец пиньиня Чжоу Югуан родился в Гуанчжоу в 1906 году; пиньиньские названия китайских иероглифов и т. п.

Полагаем, что в данном случае, как и при записи математических формул,  следует использовать неразрывный пробел. При словесной записи корректно: проиграли со счетом «один — два».

Полагаем, что использование такого феминитива некорректно, так как в разные эпохи и в разных обществах диаконисами называли то женщин, служащих при церкви, то женщин, имеющих определенный чин церковного клира (фактически исчез к началу II тысячелетия, а окончательно — в эпоху Средневековья). 

Вас не случайно смущает употребление сочетания в том числе в этом предложении. И дело не только в пунктуации. Словари говорят, что это сочетание является союзом и используется «для присоединения слов, использующихся для обозначения, выделения человека или предмета, на к-рые среди прочих (прочего) распространяется сказанное в предыдущей части», например: Пришли все, в том числе и Мухин. Многие сотрудники, в том числе он, сейчас в отпуске. В таких случаях в том числе открывает собой присоединительный оборот. 

В приведенном Вами предложении нет присоединительного оборота. Сочетание в том числе здесь используется в значении, не зафиксированном словарями, — в значении ‘не только, но и’. Здесь оно показывает, что помимо того, о чем говорится в предложении, подразумевается что-то еще (в Вашем случае — что документация может быть представлена и в других формах, помимо формы интерактивных руководств). Подобные случаи в справочниках не рассмотрены, о чём пишет М. М. Харченко в статье, посвящённой нерешённым проблемам современной пунктуации. Судя по приводимым в статье примерам, в большинстве случаев знаки препинания при таком «самостоятельном» в том числе не требуются. Полагаем, что не требуются они и в Вашем примере.