Даже употребление творительного падежа не делает фразу грамматически безупречной. Увы, если в русском языке два глагола управляют разными падежами, то грамотно построить фразу можно, лишь прибегнув к повтору управляемого слова или к использованию местоимения. Но если вопрос ставится именно таким образом - какой падеж использовать, не перестраивая фразу, - то предпочтение следует отдать творительному падежу. 

Дело не в словообразовании, а в графике. Все слова такого рода являются заимствованиями, и при "переводе" их на кириллическое написание используется принцип транслитирации, то есть побуквенной передачи слов одной графической системы средствами другой системы. Ср.: паранойя — греч. παράνοια; маракуйя — тупи mara kuya и т. п. Да, написание таких слов нарушает слоговой принцип графики, согласно которому гласные и согласные буквы пишутся и читаются с учетом соседних букв. Иначе говоря, в основе этого принципа лежит графический слог как единица чтения и письма: поэтому, например, мы пишем сарая (Р. п. ед. ч.), хотя в этом слове корень сарай (совпадающий с формой Им. п. ед. ч. существительного) и окончание -а. 

Написания типа паранойя, фойе, йогурт нарушают слоговой принцип графики, однако позволяют подчеркнуть иноязычную природу подобных слов. 

Этимология слова кикимора очень интересна. Это существительное образовано путем сложения, от кики + мора. Начнем со второй части. Слово мора общеславянское, во многих славянских языках оно обозначает что-то, связанное с нечистой силой, ночными кошмарами, ср. сербохорватское мора 'домовой', 'кошмар', чешское můra 'злое ночное существо; ночной кошмар' (и 'ночная бабочка'), польское mora, zmora 'призрак, кошмар'. Происхождение слова мора точно не установлено; предполагают, что это старое заимствование из германских диалектов. В таком случае оно родственно немецкому Mahr 'кошмар', второй части английского nightmare 'кошмар, страшный сон' и французского cauchemar, в котором вторая часть -mar – заимствование из германских языков (отсюда, кстати, происходит и русское слово кошмар – это заимствование из французского; получается, что в словах кикимора и кошмар исторически можно выделить один и тот же корень).

Что же касается первой части сложения, то она может быть связана и с кика < кыка 'праздничный головной убор (с рогами) замужней женщины', и с древнерусским кыкати 'подавать голос, кликать; кричать; куковать'. Это вполне соотносится со значением слова кикимора  – 'нечистая сила в женском образе'; 'лешачиха'; 'лесной нечистый дух в образе женщины'.

Согласно справочнику Д. Э. Розенталя, если подлежащее выражено составным наименованием, в котором имеется ведущее слово в форме именительного падежа, то сказуемое согласуется с ним. Однако если при этом образуются курьезные сочетания, следует использовать родовое наименование (книга).

Таким образом, вариант "Французские крестьяне в Средние века" охватывают период... корректен. Если Вы считаете это курьезным сочетанием, используйте слово книга.

Большинство словарей рекомендует мягкое произношение согласного Т в слове катехизис.

В приведённом вами предложении запятая после "новых функций" не требуется. Но Вы совершенно правы: предложение следует перестроить, иначе смысл его не вполне ясен. 

Этот смысл можно выразить, в зависимости от стиля текста, формами глаголом ограничить(ся) (например: В будущем ассортимент биотехнологической промышленности не будет ограничен лекарствами и пищевыми добавками) или ограничительными частицами только, лишь, всего лишь, исключительно, единственно, и всё (например: Здесь лекарства и биодобавки — и всё). 

На наш взгляд, затруднения в использовании союзного оборота в том числе имеют логико-понятийную природу. Добавление но не ограничиваясь излишне (за исключением случаев, когда воспроизводится чья-либо речь или воплощается некий авторский замысел).

Спасибо за уточнение! Защищать слитное написание мы не готовы и не видим в этом смысла. Но в орфографическую комиссию об этом слове обязательно сообщим. 

Произношение на практике приближено к английскому, но с поправкой на русскую фонетику.