Обстоятельственное сочетание в семье потомственных физиков можно считать уточнением обстоятельства в Дубне (уточнение — это переход от более широкого понятия к более узкому); в этом случае логическое ударение будет нести как одно, так и другое обстоятельство. Однако обстоятельство в Дубне само по себе достаточно конкретно, а потому в обязательном уточнении не нуждается. Без запятой логическое ударение будет нести только обстоятельство в семье потомственных физиков.
В этом предложении, судя по его лексическому составу (человечество; каждый человек), содержится противопоставление вообще — в частности, правда слово вообще отсутствует, и если есть возможность редактирования, то лучше его добавить. В любом случае, пусть и без слова вообще, логическое ударение падает на в частности, знаки препинания в такой конструкции не нужны.
Единого ответа на все случаи употребления производного предлога согласно дать невозможно. Обстоятельственные обороты с производными предлогами могут обособляться или не обособляться в зависимости от разных условий. Так, они обычно обособляются, если находятся не в начале и не в конце предложения, например (позволим себе немного перестроить исходное предложение): Начальнику...ФИО организовать, согласно плану, проведение работ. Здесь оборот с предлогом согласно близок к вводной конструкции, указывающей на источник информации.
В приведенном Вами примере сочетание находится в конце предложения. Такой порядок слов указывает на то, что важна не сама по себе организация проведения работ, а их организация согласно плану, то есть на обстоятельственный оборот падает логическое ударение. Значит, в данном случае запятая не нужна: Начальнику...ФИО организовать проведение работ согласно плану.
Первый и третий из предложенных вариантов постановки знаков препинания корректны. Они различаются синтаксической структурой. Соответственно, в них по-разному расставлены акценты: 1) Тимур, довольно открытый человек, излучает позитивный настрой, интересуется производством; 2) Тимур довольно открытый человек: излучает позитивный настрой, интересуется производством. В первом случае предложение простое: подлежащее — Тимур, сказуемые — излучает и интересуется; довольно открытый человек — приложение поясняющего характера, попутное замечание, не несущее на себе логического ударения. Во втором случае две грамматические основы: 1) подлежащее — Тимур, сказуемое — открытый человек, 2) (Тимур) излучает, интересуется; сочетание довольно открытый человек представляет собой группу сказуемого и несет на себе логическое ударение.
Знаки препинания внутри этого предложения не нужны. Для слова, несущего на себе логическое ударение, можно применить шрифтовое выделение.
В справочниках можно найти лишь информацию о постановке знаков препинания при союзе в том числе в случаях, когда союз имеет значение ‘включая что-либо, кого-либоʼ и начинает присоединительный оборот, то есть когда в предложении названо то целое, частью которого является присоединяемое с помощью в том числе. Случаи, когда союз лишь показывает, что помимо того, о чем говорится в предложении, подразумевается что-то еще (то есть ‘не только, но и’), в справочниках не рассмотрены. Об этом пишет М. М. Харченко в статье, посвящённой нерешённым проблемам современной пунктуации. В статье приводятся примеры из текстов публицистического и официально-делового стилей, аналогичные приведённым Вами. Судя по ним, в практике письма встречаются разные варианты постановки знаков препинания при таком «самостоятельном» в том числе.
Очевидно, здесь играет роль не само по себе наличие в том числе, а какие-то другие факторы. Так, в первом из примеров логическое ударение несёт на себе сочетание снижает эффективность работы указанных сотрудников, а то, что начинается с в том числе, служит добавочным замечанием, то есть представляет собой присоединительный оборот: ...текущий размер мониторов снижает эффективность работы указанных сотрудников, в том числе при выполнении ими ключевых задач предприятия. Во втором же примере логическое ударение приходится на часть, которая начинается с в том числе (и), что не предполагает обособления оборота: ...уничтожение молодых зеленых насаждений происходит в том числе и по причине чрезмерной охоты на хищников.
Отметим, что употребление оборота с «самостоятельным» в том числе во многих случаях выглядит стилистически неудачным – см., например, ответ на вопрос 308092.
Правила рекомендуют разделять составной союз запятой, если перед первой частью союза стоят усилительные, ограничительные и другие частицы: Я не граммар-наци лишь потому, что добрая. В этом случае частица перетягивает логическое ударение на слово потому и главным смысловым компонентом предложения оказывается сообщение о причине того, что говорящий не вступает в ряды граммар-наци. Однако данное предложение можно осмыслить и произнести иначе. Возможно сделать два акцента, разделить на два смысловых блока: первый — самостоятельное сообщение Я не граммар-наци, а второе — о причине этого. В этом случае придаточная часть будет иметь характер присоединительной: Я не граммар-наци, лишь потому что добрая.
В этом случае рекомендуем слитное написание, поскольку небезразличен русский можно заменить словами интересен русский.
После слова это тире возможно, если это несет на себе логическое ударение. Однако в Вашем случае более оправданным кажется произнесение без выделения слова это.
В правилах недостаточно разъяснений о том, от чего в подобных предложениях зависит выбор двоеточия и тире. На наш взгляд, тире нужно ставить в том случае, если главную информацию передают однородные компоненты, на них падает логическое ударение. Двоеточие нужно поставить, если главное в предложении то, сколько было предметов, логическое ударение падает на словосочетание с количественным значением. Информация о том, какие были предметы, второстепенная, дополнительная.
Более вероятна такая расстановка знаков:
Открытие произошло на стыке двух наук — математики и физики.
В набор входит три карандаша: синий, красный и зеленый.
