Это конструкция, эквивалентная сложноподчиненному предложению с отсутствующим соотносительным словом, например: Кто записаны, получат билеты получше; У кого детей нет, редко дачу снимают и т. п. В таких конструкциях обычно ставится запятая, однако «при отсутствии интонационного отделения» запятая не ставится: Найдите мне кто вяжет; Пускай кто остаётся работает. В Вашем примере есть фактор, отменяющий запятую перед сравнительным союзом как, — смысловая недостаточность глагола выглядело, который без сравнительной конструкции не выражает нужного значения. 

Сравним: Все выглядело в точности так, как запомнилось Марии — в этом случае, при наличии соотносительного слова, запятая ставится обязательно.

Полагаем, что действует то же правило, то есть следует писать прописное С: ...Стою близ моря на скале; / Стою, задумчивость питая.

Что касается выбора варианта, вопрос не очень понятен, так как надо  представлять себе, что это за учебное пособие, как оформлены другие материалы. Мы бы, наверное, выбрали такой вариант: «Я здесь стою близ моря на скале; / Стою, задумчивость питая». Особые правила цитирования стихотворных текстов нам неизвестны (кроме того, что эти тексты можно набирать в подбор, показывая разбиение на строки косой чертой). Точность цитат одинакова для всех изданий (если только это не намеренное искажение текста или автор не хочет подчеркнуть, что он или его персонаж вспоминает цитату: «Что-то там, тати-тата…»). Единственное, что в обучающих изданиях, где цитат очень много, они, полагаем, не всегда нуждаются во внутритекстовых или постраничных ссылках на источник, но библиографический список в конце нужен, хотя бы потому, что, прочитав цитату, скажем, из Пушкина, читатель может удивиться, не найдя приведенные строки в своем издании, поскольку текст цитировался по другому собранию сочинений.

Корректно: Но нужно помнить: нарушение точности приводит к тому, что мысль искажается.