В этом предложении запятые расставлены корректно. Заметим, что запятая перед словом приказываю факультативна: оборот с производным предлогом в соответствии с обособлять не обязательно. Однако в данном случае обособить его уместно, чтобы в тексте не создавалось сочетание от 12.12.2024 приказываю.

Запятая нужна: она отделяет деепричастный оборот.

Обстоятельственный оборот с производным (непервообразным) предлогом в соответствии с, как и другие подобные обстоятельственные обороты, может обособляться в некоторых случаях, например для обозначения его границ. В приведенном предложении обособление уместно для удобства восприятия: нужно отделить обстоятельственный оборот с предлогом в соответствии с от обстоятельственного оборота с предлогом (тоже производным) в целях. Заметим, что знак препинания между этим последним оборотом и сказуемым приказываю не требуется: В соответствии с Федеральным законом «О музейном фонде», в целях всестороннего исследования поступивших предметов и определения их исторической значимости приказываю возложить обязанность по учету предметов на культурный центр.

В приведенном вами предложении запятая перед словом "приказываю" не нужна. 

Запятая после обстоятельственного сочетания на основании приказа факультативна. В данном случае без запятой непонятно, к чему относится сочетание в целях совершенствования процедур входного контроля — к слову приказа или к слову приказываю. Если верен последний вариант, то запятую нужно поставить во избежание разночтений.