Вы правы в том, что в приведенных примерах деепричастие учитывая употреблено некорректно. Во всех трех случаях лучше использовать условное придаточное: Если учесть, что… Но деепричастие при этом не перестает быть деепричастием. Предлог не может подчинять изъяснительное придаточное, на это способно только знаменательное слово с определенным значением.

Некорректность употребления деепричастия заключается в следующем. Действие, обозначаемое деепричастием, должно выполняться тем же субъектом, что и действие, обозначенное глаголом-сказуемым. Но сочетание не может учитывать (в первом примере), словообразование — тоже (второй пример), стратегия — тоже (третий пример). Именно несоблюдение этого правила вы ошибочно именуете «согласованием со сказуемым» (согласования в грамматическом смысле здесь нет).

Верно согласование со словом несоблюдение: Работник несёт ответственность за несоблюдение требований по охране труда и промышленной безопасности, Правил пожарной безопасности, повлекшее тяжкие последствия.

Обобщающее слово должно быть тем же членом предложения, что и перечислительный ряд. В данном случае дело обстоит иначе: существительное основаниями играет роль именной части сказуемого (основаниями стали), а осуществление, несоблюдение, управление выполняют функции подлежащих.

Следует обратиться за разъяснениями к составителям документа.

Возможны оба варианта, однако они имеют разный смысл. Нести ответственность за надлежащее и своевременное выполнение и т. д. значит 'возлагать / брать на себя обязательства по надлежащему выполнению'. Нести ответственность за ненадлежащее и несвоевременное выполнение значит 'быть наказанным за ненадлежащее выполнение'.