Мы бы рекомендовали отредактировать текст, чтобы избежать лексической ошибки: И меня поразила не столько её красота, сколько необыкновенное, невиданное одиночество в глазах!

Ваши рассуждения верны: определения прекрасные и заповедные действительно характеризуют место с разных сторон: красота и труднодоступность. Они не являются однородными и не разделяются запятой. Но запятую всё-таки можно поставить — если рассматривать заповедные как пояснительное определение к слову прекрасные (прекрасные, а именно заповедные, т. е. красота мест обусловлена их нетронутостью). Такое пунктуационное оформление предполагает и соответствующую интонацию.

Союз если часто употребляется, выражая условные отношения, сам по себе, без второй части то (см., в частности, многочисленные примеры в «Большом толковом словаре»), поэтому в постановке тире вместо запятой нет необходимости. Вместе с тем, если в сложноподчиненном предложении с условными отношениями придаточная часть предшествует главной, такое тире может быть поставлено — см. об этом пункт 1 параграфа 38.1  справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя.