Увы, выбор здесь невозможен, так термины руководство и координация деятельности требуют разных падежей управляемого слова: руководство чем (которыми), но координация деятельности чего (которых). Предложение придется перестроить. 

Если имярек занимает должности в разных организациях, то это уже не двойное название должности, а перечисление должностей: заместитель генерального директора АО «Василёк», управляющий директор АО «Ромашка» И. И. Иванов. 

В таких названиях склоняются обе части, пишущиеся через тире: заместителю генерального директора — главному инженеру. Сравним пример из параграфа 154 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина: обратиться к директору — художественному руководителю.

Если мы верно поняли Ваш вопрос, то использование прописной буквы в названиях должностей в данном случае корректно, так как она оформляет первое слово во фразе.

Все названия должностей здесь пишутся с маленькой буквы. Поскольку это начало абзаца, с большой буквы следует писать только первое слово: Главный инженер — первый заместитель генерального директора.

В каком смысле "замещающее"?

В деловой речи устоялась первая из указанных Вами моделей. Однако она двусмысленна, поэтому в реквизитах деловых документов желательно название должности и организации помещать на разных строчках, а в текстах избегать подобных конструкций.

Верно: Докладчик: Иванов Иван Иванович, заместитель генерального директора.

Если на основании доверенности действует заместитель директора, то правильно: заместитель (какой?) действующий. 

Следует писать все сочетание строчными буквами.