Ответы справочной службы
Знаки препинания правильно расставлены во втором случае.
Фраза сидеть на парте означает, что человек воспользовался партой, словно табуреткой или стулом, для сидения на ней сверху. Сидеть за партой – это сидеть так, чтобы парта стояла перед сидящим, как положено сидеть ученику в классе с партами.
Дело в том, что школьная и академическая грамматика имеют разные "системы координат". Одно из очевидных различий - это как раз нумерация первого и второго склонения. Это несложно; путаницы нет, так как большинство изучает русскую грамматику именно по школьной системе, а не по академическому труду.
Справочники
С ПОЗВОЛЕНИЯ / РАЗРЕШЕНИЯ / СОГЛАСИЯ (кого, чего, чьего), в составе обстоятельственного оборота Обстоятельственные обороты «с позволения (кого-либо, чего-либо, чьего-либо)», «с разрешения (кого-либо, чего-либо, чьего-либо)» «с согласия (кого-либо, чего-либо, чьего-либо)» могут обособляться с целью интонационно-логического выделения. Потом, с позволения Мими, я или Володя отправляемся в карету, а Любочка или Катенька садятся в бричку. Л. Толстой, Отрочество. ..
...Суворов воспользовался отсутствием капитан-командора...