В орфографических словарях и справочниках по-прежнему указывается, что местоимения Вы и Ваш пишутся с прописной буквы как форма вежливого обращения к одному лицу в текстах следующих жанров: письма; официальные документы (заявления, служебные записки и др.); тексты, которые предназначены для многократного использования (анкеты, листовки), но которые при каждом использовании прочитываются одним конкретным адресатом. При обращении к нескольким лицам или неопределенному кругу лиц местоимения вы, ваш пишутся со строчной буквы.

Вы правы в том, что в современном пространстве онлайн-коммуникации (письменной по форме, но устной по содержанию) некоторые правила, сформулированные для «обычного» русского литературного языка, перестают работать. Отношение к написанию местоимения вы с прописной буквы в этой логике тоже пересматривается: оно кажется слишком официальным, устанавливающим слишком большую дистанцию, проявлением уже не вежливости, а неуместного официоза. Ведь интернет-общение как будто предполагает гораздо меньшую дистанцию между собеседниками, чем официальная переписка.

И всё же не будем забывать, что официальное общение тоже сейчас может вестись в тех же мессенджерах. И в этом же пространстве коммуникации остаются носители языка, для которых обращение на Вы с большой буквы нормально и естественно, а вы с маленькой буквы по отношению к себе они воспримут как едва ли не хамство. Поэтому можно порекомендовать по умолчанию обращаться к незнакомому или малознакомому собеседнику (особенно если он старше по возрасту или должности) всё-таки на Вы с большой буквы, как того требуют нормы этикета. А дальше уже непосредственно в ходе коммуникации договориться о формате общения (на Вы или на вы, а может, даже и на ты, по имени и отчеству или только по имени и т. д.). Не будем забывать, что употребление местоимения вы вместо ты при обращении к одному лицу само по себе уже представляет проявление уважительного отношения к этому лицу.

Да, корректно написание в кавычках, особенно в стилистически нейтральном тексте.

О том, почему для прилагательного естественно-научный и некоторых других прилагательных, образованных тем же способом, в орфографическом словаре зафиксировано дефисное написание, см. комментарий на орфографическом академическом ресурсе «Академос».

Да, такое существительное может быть написано слитно с не- в соответствии с правилом: «Слитно пишется не с именами существительными, обозначающими лиц и выражающими качественный оттенок; такие существительные в сочетании с приставкой не- приобретают значение противопоставления: специалисты и неспециалисты, профессионалы и непрофессионалы, футболисты и нефутболисты, филологи и нефилологи. Например: Все непрофессионалы, нефилологи, могут об этом и не знать; Фирма приглашает специалистов и неспециалистов для работы в сфере обслуживания».

Например: Но Брюсов, этот мужчина в поэзии par excellence, этот любитель пола вне человеческого, этот нелюбитель душ, этот: правое — левое, черное — белое, мужчина — женщина, на такие деления и эффекты, естественно, льстился [М. И. Цветаева. Герой труда (Записи о Валерии Брюсове) (1925)]; Недаром же французы сложили песенку, в которой загадочно, но вполне убедительно оценивают разницу между любителями и нелюбителями путешествий [В. А. Каверин. Верлиока (1981)] и др.

Тип сказуемого определяется в двусоставных предложениях. В односоставных предложениях не выделяется ни подлежащее, ни сказуемое, а выделяется главный член, который по своим структурным характеристикам может быть сближен с тем или иным типом подлежащего или сказуемого в двусоставном предложении. (Определение главного члена односоставного предложения как подлежащего или сказуемого — школьная традиция, в дидактических целях упрощающая действительное положение дел.) В односоставных предложениях типа Нам это стихотворение не выучить главный член — это инфинитив с нулевой отвлеченной связкой (глагол быть), которая при модификации временного плана высказывания может выступать в форме прошедшего или будущего времени (Нам это стихотворение было/будет не выучить). Сложным является вопрос, с каким типом сказуемого следует сближать главный член такого строения. Если определяющим считать наличие здесь инфинитива, то главный член может быть сближен с составным глагольным сказуемым (точка зрения Е. И. Литневской); если же при определении типа сказуемого решающим фактором считать характер связочного компонента (точка зрения, например, М. Я. Дымарского, см. ответ на вопрос № 317721), то главный член в анализируемом высказывании может быть сближен с составным именным сказуемым, где инфинитив выступает функциональным аналогом именной части. В пользу последнего решения говорит исторический аспект проблемы: инфинитив по происхождению является как раз «оглаголенной» формой существительного. В школьном обучении подобных вопросов, естественно, следует избегать — в силу их сложности.