Слово онлайн-заполнение еще не зафиксировано словарями, но его появление вполне закономерно по аналогии с онлайн-общение, онлайн-голосование, поэтому рекомендуем: онлайн-заполнение заявок.
Если речь идет исключительно об онлайн-заявках, то лучше написать: заполнение онлайн-заявок.
Перечисленные Вами слова пишутся через дефис по разным правилам. Эти правила Вы можете прочитать в информационно-поисковой системе «Орфографическое комментирование русского словаря».