Вот рекомендации из справочника Д. Э. Розенталя «Управление в русском языке»:

ЖАЛКО (жаль) — 1. [о чувстве сострадания, жалости по отношению к кому-чему-л.] кого-что. Жалко / жаль девочку; Мне стало невыразимо жалко его (Гарш.); Жалко / жаль увядшую розу. 2. [о чувстве грусти, горечи, сожаления по поводу отсутствия, утраты кого-чего-л.] кого-что / кого-чего. Жалко / жаль мне всех рано ушедших из жизни; Жалко / жаль потерянного времени. 3. [о нежелании тратить, отдавать что-л., лишиться чего-л.] чего. На минуту становилось жалко богатства (Горб.); Сахару больно жалко: много его у них выходит (Остр.).

Правильно: ...с возможностью индексации ставки один раз в два года не более чем на 5 %.
 

Наиболее подробно вопрос сочетания парного тире, выделяющего вставку, с другими знаками препинания, освещен в примечании 4 к параграфу 26.2 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя. Примеров, аналогичных Вашему, там не приведено. Исходя из того, что «перед первым тире ставится запятая, если этого требует структура первой части основного предложения», а в данном случае структура того не требует (нет оборотов, которые нужно закрыть), можно рекомендовать не ставить запятую в этой позиции.

Вы понимаете правильно: между двумя придаточными, соединенными одиночным союзом и, запятая не ставится, даже если подчинительный союз не повторяется (см. пункт 2 параграфа 119 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина).

В том и в другом случае сочетания со скоростью 5–10 м/с и 5–10 м/с играют роль именной части сказуемого, однородной другой именной части, выраженной прилагательным юго-западный. Однородные именные части сказуемого отделяются друг от друга запятой: Ветер ожидается юго-западный, со скоростью 5–10 м/с (но: Ожидается юго-западный ветер со скоростью 5–10 м/с — с другим порядком слов, при котором прилагательное юго-западный играет роль согласованного определения); Ветер юго-западный, 5–10 м/с.

Для постановки знаков препинания в указанных позициях нет оснований. Сочетание № 1, № 2 и № 3 представляет собой несогласованное определение, обозначающее постоянные признаки (см. параграф 53 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина), к существительному формы: Руководство сообщает, что информационные письма по формам № 1, № 2 и № 3 не направлялись по причине отсутствия согласий от контрагентов.

Названия остановок даны в корректных падежных формах.

Всё зависит от того, к чему относится сочетание в количестве 5 (пяти) единиц хранения: если к слову (не подлежащих) хранению, то не нужна, если к слову уничтожению (имеется в виду, сколько документов нужно уничтожить) — нужна.

Правильно: за 2,83 календарного дня, за 8,83 календарного дня. Существительным управляет дробная часть: восемьдесят три сотых (чего?) календарного дня.

В справочниках, в частности в параграфе 33.4 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя, указано, что если придаточная часть состоит из одного союзного слова, то запятая или какой-либо иной знак перед ним не ставится. Однако «в условиях контекста возможна постановка запятой и перед одиночным союзным словом» (см. там же). Представляется, что в данном случае условия контекста способствуют постановке запятой: в главной части есть соотносительное слово в том, которое подчеркивает значение союзного слова каких. В цитируемом параграфе говорится, что в таких случаях возможно и тире.