Оба варианта возможны. Рекомендуем обратиться к архиву Справочной службы за дополнениями: несколько ответов посвящены именно этим предложным конструкциям; см., в частности, ответ на вопрос № 310844.
Оба ударения правильны: кулина́рия и кулинари́я. Но ударение кулина́рия постепенно уходит из языка, сейчас оно отмечается в словарях как допустимая старшая норма.
Правил постановки ударения в фамилиях не существует. Место ударения в фамилии определяет ее носитель, поэтому нужно спрашивать у него.
В этих случаях используется приставка недо-, означающая неполноту, недостаточность по сравнению с нормой: Вот где-то в баре водки недолили. В глаголе недосчитаться в значении 'обнаружить при подсчете недостачу' тоже есть приставка недо- в том же значении, он пишется слитно: Мама недосчиталась в шкатулке кольца.
В текстах для подготовленного читателя, знакомого с использованием слова в данном значении, можно кавычки опустить. В остальных случаях кавычки нужны.
В этих случаях деепричастные обороты не требуют постановки запятых, поскольку они выполняют роль обстоятельств образа действия, тесно связаны по содержанию со сказуемым и образуют смысловой центр высказывания (см. примечание 1 к параграфу 20.4 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя).
Да, в данном контексте выражение "красные флаги" нужно заключать в кавычки, так как это выражение используется в переносном смысле.
В справочнике Д. Э. Розенталя «Управление в русском языке» (М., 2003) варианты исчисляться чем и во что приведены как равноправные.
