Общее правило таково. В сложносочиненном предложении перед союзами и, да (в значении и), или, либо запятая не ставится, если части предложения объединены каким-либо общим элементом. В некоторых случаях общим элементом может быть частица (ограничительная, усилительная, выделительная).

В данном случае общим элементом является частица только, поэтому запятая не стоит.

Нет, слово огурчик образовано с помощью суффикса -ик. А буква Ч принадлежит корню. Дело в том, что перед суффиксальным морфом -ик происходит чередование согласных Ц – Ч, а кроме того, исчезает беглая гласная основы. Так огурец превращается в огурчик, то же в словах конец – кончик, рубец – рубчик и т. п.

Нет. Точка в конце предложения на точку после сокращения не влияет. Если сокращение пишется с точкой, эта точка сохраняется и перед скобкой: 5 руб.).  и т. п.). Но дело в том, что само сокращение млн (равно как и млрд) пишется без точки (во всех случаях), поэтому правильно: 500 млн).

Два тире в предложении действительно не лучший вариант пунктуации. Однако нужно учитывать, что в некоторых случаях постановка тире обязательна (как, например, перед словом это), а в других факультативна. Корректно: Поэтому всё, что нам оставалось, — это радоваться вкусным посылочкам (огурчикам, помидорчикам, яблочкам) и наслаждаться вкусными продуктами в путешествиях. 

В предложении, приведенном в вопросе, запятая перед союзом и поставлена для того, чтобы закрыть причастный оборот связанной с развитием сотрудничества. Если бы причастного оборота не было, то запятые в этом предложении были бы не нужны: Внести изменения в Правила осуществления деятельности и в Положение о регулировании такой деятельности.

Правило «одной запятой» при пояснительных членах предложения касается только согласованных определений, стоящих перед определяемым словом: особенная, тяжёлая духота; наша, человеческая точка зрения; тридцатая, последняя верста. К этому ряду относится и сочетание пятая, решающая игра. Все другие пояснительные члены предложения (несогласованные определения, обстоятельства и т. д.) выделяются с двух сторон.

Обстоятельство после создания альтернативной дороги нужно обособить: оно поясняет обстоятельство в 2014 году. Перед союзом и запятая будет не нужна, если ученым удалось полностью раскрыть мозаику в 2014 году (когда работы были возобновлены), и нужна, если это произошло позже (работы могли вестись не только в течение 2014 года).

Нет, знаки препинания расставлены неправильно.
Исправленный вариант: Овраг, образованная водотоками ложбина, с разбегу выскакивает на песчаный берег, скрипучие вязы резко останавливаются, подавшись назад, но ручья удержать не могут — хрустальной струёй он вливается в реку, собирая на песчаной отмели шаловливых рыбешек, безобидно маленьких и ни на что не годных.

Запятая перед одиночным определением следующим не нужна; знаки препинания в сочетании начальнику управления Иванову И.И. не требуются. Оборот с союзом как в приведенном предложении имеет значение  приравнивания, отождествления (не сравнения), а потому не нуждается в обособлении: Осуществить закупку [у] ООО «Наименование» как у единственного поставщика.

Запятая не нужна. Если перед подчинительным союзом или союзным словом стоит сочинительный союз и, или, либо и т. д., запятая между главной и следующей за ней придаточной частью сложноподчиненного предложения не ставится. Ср.: Не представлял себе и как выбраться из создавшегося положения; Я знаю и как это делается.