1. Такое употребление нарушает грамматическую норму. После слов заведующий, управляющий, командующий существительное ставится в форму творительного падежа.

2. Употребление аббревиатуры НАТО как существительного среднего рода корректно.

Об изменении падежной формы существительного в этом случае говорить не приходится. Еще в «Толковом словаре живого великорусского языка» В. И. Даля указывалось, что слово согласно сочетается с существительными в форме дательного падежа. Вот фрагмент словарной статьи: «Согласно с чем или чему, на основании, вследствие, отвечая чему». 

Вводное сочетание кстати о птичках является цельным, фразеологическим: произнося его, говорящий едва ли предполагает говорить далее именно о птичках, тогда как, произнося кстати, о наболевшем, он планирует говорить именно о наболевшем. Сравним: Мои вины уже позабыты, и вроде уже должок за ней — она дома, а я вот в больнице. Уважают в России болезнь. Кстати, о птичках… Что ты думаешь о теореме Ферма? [Сергей Юрский. Теорема Ферма (1994)]; А чего стоит загадочный, скрытый туманом аэродром «Буревестник»! Отсюда камикадзе взлетали бомбить Перл-Харбор в 41-м. Кстати, о птичках: на Итурупе через пару месяцев достроят новый всепогодный аэропорт — единственный в истории современной России возведенный полностью с нуля [Комсомольская правда, 17.05.2014]. В связи с этим и запятая после кстати внутри этого сочетания не требуется. Отметим, правда, что в практике письма ее часто ставят — это показывают и приведенные примеры. 

Отличить вводное слово кстати от наречия кстати можно по значению — см., например, «Справочник по пунктуации». Сочетание кстати, о + существительное рассматривается как специфическая языковая единица — текстовая скрепа (скрепа-фраза). В этом сочетании слово кстати по своему значению вводное, поэтому пропускать запятую здесь нет оснований.

Слова двойной и двоякий имеют различающиеся значения, хотя иногда могут быть взаимозаменяемы. Из словарных толкований следует, что двойной характеризует нечто как состоящее из двух частей или увеличенное в два раза. Наглядны и понятны, например, двойной кофе или двойная порция. Двоякий — это такой и эдакий, условно говоря, или, как отмечают словари, имеющий два проявления, два воплощения, два вида. Прилагательное часто используется при указании на неоднозначность: двоякое впечатление, двоякое толкование. Кавычки, как представляется, не обязательны, впрочем, если важно подчеркнуть точность цитируемого, то поставьте их в нужном месте.

Склонение аббревиатуры ТОР возможно, но не обязательно. Если аббревиатура употребляется в несклоняемой форме, то ее род определяется по опорному существительному: международная ТОР.

Мы уже отвечали на этот вопрос. См.  277054.

Частица только «выдает» в первой части сложного предложения восклицательное предложение с частицей не: Чего только не давали за корову-кормилицу, мы с бабушкой не соглашались. Без только часть прочитывается как уступительное придаточное с частицей ни: Чего ни давали за корову-кормилицу, мы с бабушкой не соглашались.

При передаче на письме разговорного стиля речи корректно написание со строчной буквы без кавычек: айфон.

Пунктуация верна. Однако в третьем предложении, на наш взгляд, более подходящим знаком является тире. Однородные компоненты объявляет арестанта преступником и выносит смертный приговор по смыслу подчинены сочетанию идёт против своей совести, они показывают, что именно совершает прокуратор против совести. Эту смысловую подчиненность, пояснительный характер компонентов можно показать знаком тире.

Какой частью слова является пара- в русском языке — вопрос дискуссионный. В научных изданиях ее характеризуют или как приставку, или как часть сложного слова, корень. См. например, словарные статьи здесь.

Подробнее о написании части пара- см. в информационно-поисковой системе «Орфографическое комментирование русского словаря».

Вы правы, придаточная часть с союзом если относится здесь только к части с грамматической основой позвоните, а значит, знак препинания (запятая или тире) перед союзом и нужен.