Здесь все зависит от того, с какой глагольной формой связано обстоятельственное сочетание в целях оптимизации кадровой структуры Департамента. Если оно связано с деепричастием руководствуясь, то запятая нужна, чтобы закрыть причастный оборот. Если с причастием утвержденного — запятая не нужна, поскольку в этом случае сочетание входит в причастный оборот. Если же указанное сочетание связано с глаголом внести (изменения), то нужно изменить порядок слов: В целях оптимизации кадровой структуры Департамента, руководствуясь пунктом 25 Положения о Департаменте, утвержденного постановлением Администрации от 08.12.2024 № 25, внести изменения...

Если в исторических источниках название гребного клуба имеет устойчивую форму с двумя прописными буквами, то в современных текстах эту форму нужно сохранить.

Сочетание (К/к)расное (З/з)намя использовалось и используется для называния разных объектов. Написание зависит от типа названного объекта. В академическом орфографическом словаре зафиксировано название ордена (орден Красного Знамени), в Тверской области есть поселок Красное Знамя, в советское время победителю социалистического соревнования вручали переходящее Красное знамя. Возможно написание этого сочетания и со строчных букв, например: Гордо развевается красное знамя на наших баррикадах… Мы не побеждены… (Василий Аксенов. Любовь к электричеству).

Порядок разбора слова по составу хорошо описан и проиллюстрирован в пособии Е. И. Литневской. Формообразующие морфемы выделить достаточно легко, если опираться на знания о формообразовании глагола (см. главы об инфинитиве и спряжении). В приведенных Вами словах есть одна трудность: в формах глагола взять происходит чередование: взя // возьм (ср., например, взять, взял, возьму, возьмет, возьми).  Оно объясняется историей слова. Глагол взять образовался с помощью приставки, которая сейчас имеет форму воз- (вз-), и корня со значением 'брать', следы которого мы находим во множестве других слов современного русского языка, например: иметь, принять, внимание. 

Здесь нет ошибки: в русском языке довольно свободный порядок слов, и части составных союзов вполне могут разделяться несколькими словами, например: Я только тогда бываю спокоен, когда она сидит у меня на коленях и я пою ей: «Ой за гаем, гаем!» (Л. Вертинская). Мы потому так подробно остановились на этой ситуации с проблемой четырех красок, что, знай о ней Витгенштейн, она привлекла бы его внимание (В. Успенский).

Оборот тогда и только тогда — специфическая формулировка, которая используется чаще всего в математике, логике и философии и часто выносится в начало предложения.

Нет, такие конструкции в русском языке грамматически некорректны. 
В русском языке существуют свои правила и структуры для выражения временны́х отношений. Например, вместо «Я имею работу сделанной» правильно будет сказать «Я сделал работу» или «Работа уже сделана». Вместо «Я весь день был читающим книгу» правильно будет сказать «Я читал книгу весь день» или «Весь день я провел за чтением книги». В русском языке порядок слов, грамматические формы и синтаксические конструкции отличаются от английского, поэтому прямое перенесение не будет корректным.

Оба слова — "регламентирование" и "регламентация" — связаны с понятием установления порядка, правил или норм. Однако их употребление зависит от контекста и стиля речи. 1. Регламентирование — это процесс установления регламента, то есть конкретных правил или норм для какой-либо деятельности. Оно часто используется в ситуациях, когда подчеркивается деятельность по созданию или введению этих правил. Это слово может придавать высказыванию оттенок активного действия. 2. Регламентация — это результат регламентирования, то есть сам установленный порядок или нормы. Оно акцентирует внимание на существовании уже созданных регламентов и их применении. 

Действительно, в данном случае возможны обе трактовки слов автора: 1) как отдельного предложения (и тогда верно их написание с прописной буквы), 2) как сочетания с глаголом, вводящим прямую речь (глагол грозить, обозначающий жест, вполне может использоваться как заменитель глагола речи). Согласимся, что первая трактовка уместна, если слова и жест не одновременны, а вторая — если одновременны. Заметим при этом, что во втором случае нужно изменить порядок слов, выдвинув глагол в начальную позицию:

— Следи-ка за братиком повнимательнее, он уж больно заинтересованно на утюг смотрит, — грозит пальцем мама Наташе.

Производный предлог в лице употребляется:

(1) при указании на того (то), кто (что), являясь частным по отношению к более общему, представляет это общее, напр.: Комитет в лице своего председателя согласился с проектом;

(2) при указании на того (то), кто (что) является носителем каких-либо свойств, напр.: В лице профессора Иванова наука потеряла выдающегося ученого.

Сочетание от имени (кого-чего) имеет значение 'по поручению, ссылаясь, опираясь на кого-либо, что-либо', напр.: Говорить от имени общественности. Напиши письмо от моего имени. От имени и по поручению профкома вручить подарок. Перед самым отъездом Костя Зайченко от имени отдела торжественно преподнес ей часики с никелированной браслеткой.

У слова что есть значение 'который', и такое употребление очень распространено в художественной литературе. Вариант демоны, что живут в каждом вовсе не является менее правильным, чем демоны, живущие в каждом или демоны, которые живут в каждом. Не очень понятно, почему Вы заподозрили, что это новое правило: подобные конструкции в изобилии встречаются в русской классике. Например: Старый дуб, что посажен отцом. Некрасов. Где насекомые, что так разнообразно жужжали в траве? Гончаров. Вот подарок тебе, что давно посулил. А. Кольцов. Не из тех ли только он бездушных, что в столице много встретишь ты? Некрасов. Спой мне песню ту, что пел ты в хате лесника. Полонский.