В данном случае запятая разделяет две грамматические основы в сложном предложении.

Мы дали конкретный ответ: запятая ставится. В вопросе содержалось и слово «почему?», поэтому приведено правило.

Кстати сказать, обычно посетители «Справочного бюро» выражают недовольство, когда мы просто отвечаем «да» или «нет», не приводя правило. Вы первый читатель, сетующий на излишнюю полноту ответа.

Глаголы "присутствовать", "находиться" и "числиться" различаются в первую очередь смысловыми оттенками, в конечном счете выбирать Вам исходя из требуемого содержания. Если в Вашем случае нельзя избежать использования слов "в подведомственности", то следует просто руководствоваться толковым словарем. Обратите внимание на синонимические ряды (приводим синонимы только для актуальных значений): присутствовать = иметься, наличествовать; находиться = располагаться, быть, пребывать; числиться = "иметься у кого-либо или быть в каком-либо состоянии согласно записи, документу и т. п.". Просим также обратить внимание на то, что глагол "присутствовать" в указанном значении вполне корректно сочетается с неодушевленными существительными.

Кстати, сочетание "подразделение организации находится на территории, подведомственной определенному налоговому органу" кажется нам более удачным. Может быть, так и оставить?

Запятая ставится: запятые разделяют однородные члены предложения, соединенные повторяющимися союзами.

Литературная норма: крЕмы.

Нужно исходить из авторского замысла. Т. е. если автор написал раздельно, то он имел в виду одно, а если слитно, то другое. Это адекватное отношение к авторскому тексту, здесь, как нам кажется, проблем быть не должно.

Трудности возникают, только если такие конструкции становятся материалом для диктанта, контрольной.  

Писатель образовал "новые" слова по регулярным и устойчивым словообразовательным моделям: лоханка - лоханочка, поросята - поросятки.

Почему таких слов "нет в словарях"? В словарях вообще мало слов с уменьшительными суффиксами, и вот почему. Ведь если передавать все возможности русского словообразования, фиксировать все уменьшительные образования, то словарь поистине получится бесконечным и никогда не увидит свет. 

Это в общем содержательно близкие контексты. В тексте договора и в приведенном примере такие слова выступают как обстоятельства (разница в том, что это либо обстоятельства места, либо обстоятельства образа действия).

Слова "с одной стороны" и "с другой стороны" могут быть вводными лишь в том случае, если они указывают на порядок сообщения мыслей, не являясь собственно частью сообщения.

Слово немец образовано от древней праславянской основы *nemъ, к которой восходит и прилагательное немой. В древнерусском языке немъ, немый означало не только 'лишенный способности говорить', но и 'говорящий непонятно, неясно'. Немцами поэтому на Руси сначала называли всех иностранцев (т. е. всех, кто говорил на непонятном языке), затем – только европейцев. В словаре Даля указано: немец –  не говорящий по-русски, всякий иностранец с запада, европеец (азиаты – бусурмане); в частности же, германец.

Со временем значение слова немец еще более сузилось и стало обозначать только жителя Германии, представителя немецкого народа. Таково и современное значение этого слова. Слово  германцы тоже входит в состав современного русского литературного языка, однако употребляется в значении 'древние племена, населявшие центральную, западную и юго-западную Европу; люди, принадлежащие к этим племенам'.

Со словом "центр" используется предлог В: поставка в РЦ (центр).