Обычно в научных текстах слова, которые выступают в роли примеров, выделяются курсивом. Значение слова предпочтительно выделять марровскими кавычками. Корректно оформлять так: 

Слово homme в средневековых текстах может означать 'человек', а может — 'мужчина'. Поэтому в тех случаях, когда автор использует формулу si un homme, а не прописывает подробно (si un homme ou une femme — 'если какие-либо мужчина и женщина...'), необходим терминологический анализ.

При наличии двух обстоятельств времени второе из них может не служить для ограничения понятия, выраженного первым, а значит, запятые могут не ставиться. Сравним примеры из параграфа 22.2 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя: Завтра, в шесть часов вечера, состоится заседание кафедры. — Заседание кафедры состоится завтра в шесть часов вечера. Уместность обособления зависит, очевидно, от общего контекста высказывания и (или) авторского замысла, например стремления акцентировать первое обстоятельство (в этом году). 

Прилагательное конченый пишется с одной н. Словари ограничивают сочетаемость такого прилагательного: нейтрально и общеупотребительно его использование в сочетании конченый человек — «человек, ни на что больше не способный, от которого уже ничего нельзя ждать в будущем». В обиходно-разговорной речи сочетаемость, конечно, шире и значение другое, близкое к «дурацкий», «идиотский», «ненормальный». Представляется, что такое расширение значения и сочетаемости слова не должно влиять на орфографию, корректно и в этом случае написание с одной н.

В «Большом универсальном словаре русского языка» под ред. В. В. Морковкина у оборота в частности первым отмечено значение, синонимичное значению вводного слова например. Иллюстрацией этого значения служит такой пример: Многие крупные современные писатели, в частности С. Залыгин, В. Распутин и др., включились в борьбу за охрану окружающей среды. Исходя из этой словарной рекомендации употребление оборота в частности в сочетании с выражением и другие следует признать допустимым.

В словарях, содержащих диалектный материал, есть очень близкий по форме глагол — кабези́ться (Словарь русского языка. Составлен Вторым отделением Императорской Академии Наук. Т. 4, вып. 1. СПб., 1906–1907. Стб. 22; Словарь русских народных говоров. Вып. 12. Л., 1977. С. 285). Значение этого глагола формулируется как ‘выставлять незаслуженно свое я’, ‘вести себя высокомерно’. Таким образом, прабабушка просит внучку в общении со свекровью умерить свое самолюбие.

Сочетания со словом как не являются приложениями. Приложения — это согласованные определения, выраженные именем существительным (нераспространенное приложение) или именем существительным с зависимыми словами (распространенное приложение). Обороты со словом как выполняют в предложении роль обстоятельства или являются частью сказуемого. Пунктуация в этом случае подчиняется правилам, о которых Вы пишете (оборот обособляется, если имеет значение причинности, и не обособляется при значении 'в качестве'), но речь идет не о приложениях.

Корректно: От вопроса ефрейтора Бянкина Саня сморщился, словно он проглотил горсть клюквы, и стал доказывать, что он(,) как командир(,) ничего для них не жалел и не пожалеет, и что скоро вместе в бой пойдут, и что сердиться на него совершенно глупо, так как экипаж — одна семья.

Возможность выделения запятыми оборота как командир зависит от более широкого контекста: запятые нужны, если оборот имеет дополнительное обстоятельственное значение 'будучи командиром'.

Словосочетание решить вопрос корректно, оно зафиксировано словарями русского языка.

Дело в том, что у слова вопрос есть несколько значений. Одно из них – 'устное или письменное обращение, требующее ответа, разъяснения и т. п.; слова спрашивающего'. В этом значении вопрос, действительно, задают, на вопрос отвечают.

Но есть у слова вопрос и значение 'положение, дело, задача и т. п., требующие обсуждения, разрешения; проблема'. В этом значении существительное вопрос нормально сочетается с глаголом решить: решить вопрос = решить проблему.

Мы тоже не можем с этим согласиться. Обращение уважаемый вполне корректно.

Согласно «Словарю русского речевого этикета» А. Г. Балакая, уважаемый – «этикетный эпитет в составе форм официально-вежливых обращений. Употребляется как средняя степень вежливости, обычно в сочетании с именем-отчеством адресата, со словами господин (+ фамилия адресата), товарищ (+ фамилия адресата), коллега, с наименованиями по должности, званию, социальному положению». Глубокоуважаемый – «этикетный эпитет при официальном или почтительном обращении к лицу, занимающему высокое общественное положение или пользующемуся особым уважением, почетом».

Принципиальное значение здесь имеет место ударения в названии. Слова на -ия, где -я безударное, имеют в предложном падеже окончание -и (станция – на станции, армия – в армии, Россия – в России). А вот если -я ударное, в предложном падеже окончание -е: Зульфия (имя) – Зульфие.

«Грамматический словарь русского языка» А. А. Зализняка отмечает, что есть два варианта: Килия (официальный) и Килия (общеупотребительный). Так же будут различаться и варианты написания: в Килии (официальный) и в Килие (общеупотребительный).