Мы никого не обязываем и ни к чему не принуждаем. Мы рассказываем о том, какова современная норма, – с опорой на словари и справочники. Написание Сеть и Паутина  с прописной (в значении 'об Интернете') зафиксировано, например, в академическом «Русском орфографическом словаре» под ред В. В. Лопатина, О. Е. Ивановой (4-е изд. М., 2012). Написание с прописной объяснимо: эти слова употребляются здесь не в своем обычном значении, не как нарицательные существительные, они заменяют имя собственное – название компьютерной сети Интернет.

Нет, выражение согласно кивнуть головой не является плеоназмом. Одно из значений глагола кивать — "(чем) слегка наклонять и вновь поднимать голову (в знак приветствия, согласия, одобрения и т. п.)"., то есть кивок может выражать не только согласие. См.: Он согласно кивнул головой. Она сжала его руку и спросила... [Н. С. Лесков. Зимний день (1894)]; Клим Иванович согласно кивнул головой [Максим Горький. Жизнь Клима Самгина. Часть 4 (1928-1935)]; Тот согласно кивнул головой и сказал... [Василий Шукшин. Критики (1964)]. 

У слова второй отмечено значение «такой, статус которого на одну ступень ниже по сравнению с основным, первым», среди иллюстративных примеров приводится предложение В институте Иван Иванович – второе после директора лицо (см. значение 1.2 у слова второй³ в «Большом универсальном словаре русского языка»). Судя по этим данным, выражение второй после N будет понято как синонимичное сочетанию первый после N. Обособление сочетания после N в этом случае не влияет на смысл высказывания.

Такое оформление возможно. Но читателю будет проще, если использовать скобки:

Модель языка, использующая пять факторов (слово, лемма, основа слова, часть речи, морфологический тег слова), оценивающая...

Склоняются обе части сложного слова: о счетах-фактурах, без счетов-фактур. Наречие наголову образовано от сочетания формы существительного голова (вин. п.) с предлогом. Этот способ называется сращением.

Обнимешь – форма глагола обнять. Это глагол I спряжения (в инфинитиве основа оканчивается на гласную я). В личных окончаниях глаголов первого спряжения пишутся гласные е, у, ю. 

В сложных прилагательных сохраняется основа мотивирующего прилагательного: восточнотиморский (восточно-тиморский) и восточнотиморско-российский, российско-восточнотиморский; бангладешский и бангладешско-российский, российско-бангладешский; джибутийский и джибутийско-российский, российско-джибутийский; кипрский и кипрско-российский; катарский и катарско-болгарский.

"Морфемно-орфографический словарь" А. Н. Тихонова (М.: Школа-Пресс, 1996) выделяет в этом слове корень смирн-. С исторической точки зрения наречия смирно и глагол смирять родственны. 

Согласно «Морфемно-орфографическому словарю русского языка» А. Н. Тихонова, в слове капля  корень капл-, в слове червяк  корень черв-. Слова червь, червяк, червивый; капать и капля являются однокоренными.