В справочниках можно найти лишь информацию о постановке знаков препинания при союзе в том числе в случаях, когда союз имеет значение ‘включая что-либо, кого-либоʼ и начинает присоединительный оборот, то есть когда в предложении названо то целое, частью которого является присоединяемое с помощью в том числе. Случаи, когда союз лишь показывает, что помимо того, о чем говорится в предложении, подразумевается что-то еще (то есть ‘не только, но и’), в справочниках не рассмотрены. Об этом пишет М. М. Харченко в статье, посвящённой нерешённым проблемам современной пунктуации. В статье приводятся примеры из текстов публицистического и официально-делового стилей, аналогичные приведённым Вами. Судя по ним, в практике письма встречаются разные варианты постановки знаков препинания при таком «самостоятельном» в том числе.

Очевидно, здесь играет роль не само по себе наличие в том числе, а какие-то другие факторы. Так, в первом из примеров логическое ударение несёт на себе сочетание снижает эффективность работы указанных сотрудников, а то, что начинается с в том числе, служит добавочным замечанием, то есть представляет собой присоединительный оборот: ...текущий размер мониторов снижает эффективность работы указанных сотрудников, в том числе при выполнении ими ключевых задач предприятия. Во втором же примере логическое ударение приходится на часть, которая начинается с в том числе (и), что не предполагает обособления оборота: ...уничтожение молодых зеленых насаждений происходит в том числе и по причине чрезмерной охоты на хищников.

Отметим, что употребление оборота с «самостоятельным» в том числе во многих случаях выглядит стилистически неудачным – см., например, ответ на вопрос 308092.

Заголовок построен неудачно. В нем будет устанавливаться ошибочная связь слов: автобус (кого? чей?) школьника (ср. машина заведующего). К тому же при прямом порядке слов дополнение должно стоять после сказуемого. Обратный порядок слов в данном случае неоправдан. 

Предпочтительнее все списки в документе оформлять единообразно.
 

Правило таково: в сочетаниях с приложением, если одна из частей в свою очередь является сочетанием с приложением и содержит дефис, употребляется тире.

Правильно: врач-хирург, врач-терапевт, врач-стоматолог, врач-ортопед и т. д. (сочетания с приложением). Если же вторая часть (обозначение специализации врача) в свою очередь является сочетанием с приложением и содержит дефис, то перед ней употребляется тире: врач – стоматолог-ортопед, врач – акушер-гинеколог. Аналогично: женщина-врач, но женщина – врач-хирург.

Правильно: по-нью-йоркски (ср.: по-социал-демократически, по-жюль-верновски).

Поясним, что речь идет о словах (а) вернее, (а) точнее, (а) иначе. И суть проблемы фактически в том, считать ли их в "уточняющих" контекстах вводными или же рассматривать как союзы, вводящие уточнение. 

Непростой вопрос. Думаем, для успешной сдачи ЕГЭ лучше ориентироваться на школьный учебник и справочник Розенталя.

1. Прилагательные с компонентом подобный.
Это  сложные прилагательные, у которых  первый компонент — основа существительного, а второй компонент равен самостоятельному прилагательному, между ними  соединительная гласная -о. 

Сложные прилагательные со вторым компонентом подобный имеют значение 'подобный тому, что названо первым компонентом'.  Словообразовательная модель продуктивна, и не только в сфере терминологии. Ср.: шизофреноподобный, обезьяноподобниый, человекоподобный,  мужеподобный, звероподобный  и т. д.

2. Прилагательные с компонентом формный.

При всем внешнем сходстве со словообразовательной моделью, которую обсудили выше, словообразовательный анализ слов типа эпилептиформный, шизофрениформный (вариант — шизофреноформный) сталкивается с такой трудностью, как отсутствие в русском языке прилагательного  формный с подходящим для этих медицинских терминов значением. В БТС зафиксировано прилагательное формный, но только как относительное прилагательное  для одного значения слова форма: значение 7. Приспособление для придания чему-л. (обычно какой-л. массе) определённых очертаний. Формный, -ая, -ое (7 зн.).  

См. https://gramota.ru/poisk?query=форма&mode=slovari&dicts[]=42. 

Судя по всему, эпилептиформный, шизофрениформный появились в результате словообразовательного калькирования терминов epileptiform disorder, schizophreniform disorder, а вариант шизофреноформный  — это уже результат стремления встроить кальку в словообразовательную систему русского языка.

Словообразовательное калькирование (дословный перевод каждой составляющей термина) у неопытных переводчиков часто приводит к ошибочному  смысловому переводу термина целиком. На наш взгляд, пары типа шизофреноподобный и шизофрениформный вовсе не синонимы, но об этом судить должны медики. И в итоге разница в значении должна быть отражена в словарях медицинских терминов.

В любом случае все слова, приведенные в Вашем вопросе, образованы с помощью сложения основ. Никаких суффиксоидов в них нет.

Наличие этих вариантов связано с тем, что оборот как мираж можно считать относящимся к определению белый на белом, а можно решить, что он относится к сказуемому появился (появился, как мираж). В первом случае не закрываем запятой определение (оно не заканчивается на слове белом), а во втором случае — закрываем.

Мы отвечали на вопрос об этом предложении. См. 323106.

Во-первых, в приведенном примере, нет подчинительного союза. Есть союзное слово (то есть относительное местоимение) который: именно оно оформляет подчинительную связь.

Во-вторых, среди сложных предложений действительно есть модели, предполагающие одновременность событий, о которых сообщается, или их последовательность. Но это модели сложносочиненных предложений (Светит солнце, и дует ласковый ветерок, и воздух свеж и приятен; Взошло солнце, и все вокруг ожило и зашевелилось), сложноподчиненных предложений с придаточными времени (Когда он занят чтением, его стараются не беспокоить; Как только солнце взойдет, мы отправимся дальше) и еще целый ряд других, но только не предложения с определительными (по школьной классификации) придаточными. В предложении о деревянном здании, сгоревшем через 10 лет после постройки, никакой ошибки не допущено.