Обычно имя записывают в форме Антуан де Сент-Экзюпери, с сокращением — А. де Сент-Экзюпери. Служебный элемент де иногда опускают. См, например, Большую российскую энциклопедию, словари.

Все служебные слова (союзы, артикли, предлоги) в составе личных имен пишутся со строчной буквы вне зависимости от позиции в начале или в середине слова: Александр фон Ганн и фон Ганн. 

Возможны оба варианта. Правило таково: группа неодинаковых согласных букв в середине слова, входящих в корень или образующих стык корня и суффикса, может быть разбита переносом любым образом, напр.: се‑стра, сес‑тра и сест‑ра; це‑нтральный, цен‑тральный и цент‑ральный; ро‑ждение и рож‑дение; де‑тство, дет‑ство, детс‑тво и детст‑во; шу‑мный и шум‑ный.

Вы задаете очень интересный вопрос. Следует признать, что написание составных названий храмов, соборов, церквей, включающих в свой состав непереводимые иностранные служебные слова, части сан-, санта- и под., недостаточно урегулированы орфографическими правилами и словарями. В правилах говорится о дефисном написании названий с частями сан-, санта- и под., из чего можно сделать вывод о дефисном написании всего названия (Сан-Хуан-де-ла-Пенья), однако в примерах к правилу подобные многокомпонентные названия, к сожалению, не приводятся, что оставляет простор для интерпретаций. В словаре «Прописная или строчная?» (в котором, заметим, разрабатывалась проблема выбора буквенного регистра, а не слитного, раздельного, дефисного написания), мы находим разные написания (напр., Сан-Хуан-де-ла-Пенья и Санта-Мария де Регла). Безусловно, проблема требует изучения. Наша предварительная рекомендация — написать название собора через два дефиса (Сан-Джорджо-Маджоре). Эта форма будет соответствовать общему правилу о дефисном написании географических наименований и фиксации в «Большой российской энциклопедии». В орфографических словарях данное название не отмечается.

Большое спасибо за Ваш вопрос! Мы передадим его орфографистам Института русского языка РАН.

Фамилии на -ич в русском языке склоняются. Приведем примеры из научной и художественной литературы:

В работах де Гроота, Е. Куриловича, В. В. Виноградова, Е. В. Кротевича был подчеркнут еще ранее выдвигавшийся в синтаксической науке тезис... (Н. Ю. Шведова).

Группа штурмовиков во главе с Кротевичем обнаружила фашистские корабли (А. А. Тимофеева-Егорова).

Все слова, входящие в имя человека, пишутся с прописной буквы, кроме непереводимых служебных элементов (артиклей, предлогов, союзов). В нашу письменную традицию вошла форма Ролан де ла Пуап. Так пишет «Большая российская энциклопедия», такое написание распространено в книгах об авиаполке «Нормандия — Неман».

Название не зафиксировано академическим орфографическим словарем. Корректно написание со строчной буквы по аналогии с названиями игрушек, образованных от собственных имен. Ср.: 

Бурати́но, нескл., м. (сказочный персонаж) и бурати́но, нескл., м. (игрушка)

Название движения следует писать в кавычках.

Верно: клематис Виль де Лион.

Корректно: Я штука беспородная, не граф я де Ла Фер...