В калькированных по греческому образцу славянизмах типа благовол-ить (‘проявлять расположение’), благослов-ить (‘осенить крестным знамением’), благодар-ить (‘говорить спасибо’) и др. живые семантические связи с существительным благо и использованными для калькирования глаголами отсутствуют, поэтому при словообразовательном анализе корни благовол-, благослов-, благодар- и т. п. рассматриваются как непроизводные, а следовательно — нечленимые.
При собственно морфемном анализе, который использует прежде всего формальные методы и опирается на более этимологизированный подход к структуре слова, поддерживаемый языковой интуицией носителей языка, в глаголе благодарить (как и в его деепричастной форме благодаря) выделяют два корня: благо- и -дар-.
Выбор типа анализа структуры слова зависит от поставленных учебных и научных целей.
Существительные мужского рода с суффиксом -чик- (вариант -ик-) образуются от слов мужского рода и имеют уменьшительно-ласкательное (реже — пренебрежительно-негативное) значение.
Слово мальчик образовалось от древнерусского существительного малец, обозначавшего невзрослое лицо мужского пола, при помощи уменьшительно-ласкательного суффикса. Существительное малец в свою очередь образовалось от прилагательного малый с помощью суффикса -ец-, ср.: молодой / молодец / молодчик и т. п. В современном языке живые семантические связи существительного мальчик и исторически производящего прилагательного малый утрачены, поэтому при синхроническом словообразовательном анализе слово мальчик считается непроизводным и нечленимым: суффикс не выделяется (см. «Словообразовательный словарь русского языка» А. Н. Тихонова).
При собственно морфемном анализе, который использует прежде всего формальные методы и опирается на более этимологизированный подход к структуре слова, поддерживаемый языковой интуицией носителей языка, в слове мальчик выделяется суффикс -чик- (см. «Словарь морфем русского языка» А. И. Кузнецовой и Т. Е. Ефремовой).
Оба варианта возможны. Однако в первом случае придется предусмотреть разбивку на строки таким образом, чтобы реплика диалога находилась в начале строки.
Вы совершенно правы в том, что названные термины должны писаться одинаково, поскольку они семантически и структурно однотипны. Непонятно, на основании каких статистических данных сделан вывод о том, что второй термин чаще пишется через дефис. К сожалению, в Национальном корпусе русского языка они не встречаются, а Яндекс в подборке регулярно (хотя и не без исключений) выдает слитное написание для обоих. Такое написание и следует для них порекомендовать.
Здесь сочетание в конце концов значит «после всего, в завершение, напоследок», запятая при нем не ставится.
Можно опереться на «Орфоэпический словарь русского языка как государственного», где указан только один вариант — эмпа́тия.
Правило передачи иноязычных слов состоит в наиболее близком звуковом соответствии языку-источнику, поэтому из предложенных Вами вариантов больше всего подходит референс-лист (the reference list). При этом сложные слова в русском языке не пишутся с пробелом, поэтому следует использовать дефис.
Запятые поставлены правильно.
Для удобства восприятия предложения рекомендуем выделить вставную конструкцию скобками: Больше всего на свете (ну не всего, ладно, больше этого хочу только победу на чемпионате и мамины вяленые томаты с руколой на багете с творожным сыром) я хочу довести этого козла до истерики. Обратите внимание на современную норму написания слова рукола.
Ваш вопрос труден, потому что приложение — вообще довольно загадочная вещь. Его трактовка как разновидности определений с теоретической точки зрения не выдерживает критики.
Однозначно можно сказать, что приложение является отдельным членом предложения, когда оно обособлено. В этом случае у приложения особая функция, отличная от функции «определяемого слова». Очень часто дополнительная функция обособленного приложения — выражение причинных отношений (Красавица и умница, Маша всегда привлекала всеобщее внимание).
Что же касается необособленных приложений (которым и посвящен вопрос), то отталкиваться нужно от того, что ключ не в неделимости сочетания, а в однофункциональности приложения и определяемого слова. Мы приехали в город: в город является обстоятельством. Мы приехали в Петербург: в Петербург является обстоятельством. Оба слова прекрасно справляются с функцией обстоятельства. Следовательно, в предложении Мы приехали в город Петербург мы имеем обстоятельство, выраженное словосочетанием с приложением. Это один член предложения. При этом никто не мешает нам указать на то, что один из компонентов распространенного обстоятельства (или другого члена предложения) представляет собой приложение по отношению к другому.
При письменном разборе мы подчеркиваем интересующее нас словосочетание как один член предложения, но надписываем над приложением «приложение» и графически показываем его зависимость от «определяемого слова». При выполнении тестов ОГЭ или ЕГЭ прежде всего анализируем постановку вопроса: предполагается или не предполагается этой постановкой особое выделение приложений.
Примечание: ответ дан с позиций университетского преподавателя. Именно этим объясняется, в частности, то, что словосочетание определяемое слово взято в кавычки: это ирония, так как очень часто невозможно решить, что является определяемым, а что — приложением (это относится и к примерам про Машу и Елену).
Возможно, специалисты по подготовке к ОГЭ/ЕГЭ, методисты и т. д. ответили бы на этот вопрос иначе. Целесообразно проконсультироваться у них.