Через дефис может писаться не только одно слово, но и сочетание слов. Это могут быть сочетания с приложениями (город-герой, студент-первокурсник, программа-открывашка), сочетания-повторы (умница-разумница), сложные термины (альфа-частица) и др. Бывают очень разные случаи, единого правила для всех не существует. Подробнее можно посмотреть в «Правилах русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина. Правда, вопрос о применении в таких сочетаниях кавычек там не рассматривается. Скорее всего, Вы правы, и в первых приведенных Вами примерах (мальчик-«умница», программа-«открывашка») лучше закавычить всё словосочетание. Что касается третьего (экс-«Интеграл»), то надо разбираться, что имеется в виду, и решать вопрос о кавычках в зависимости от смысла (к чему относится приставка экс, что такое Интеграл и т. д.).

Общего правила передачи для всех иноязычных многокорневых слов (словосочетаний) не существует. Освоение иноязычного слова предполагает следующее: прежде чем получить кодифицированную орфограмму в русском языке, оно должно стать достаточно употребительным в письменной практике. Тогда в процессе употребления постепенно сформируется его написание, которое может стать нормой (но этого может и не случиться — бывает, что слово выходит из употребления, так и не освоившись). В данном случае о каком-либо «правильном» написании говорить преждевременно, поскольку интересующее Вас слово (словосочетание) совершенно не освоено. Нередко этимологически пишущиеся раздельно англицизмы приобретают в русском языке дефисное написание (а иногда даже слитное, но Ваш пример — точно не такой случай). Что касается удвоенных согласных, они часто сохраняются и при передаче по-русски, но иногда упрощаются. Предпочтительным на данном этапе представляется вариант камеди-бадди, но единственно верным написанием считать это нельзя.