Объективная причина всегда одна: знаки препинания (в том числе кавычки разного вида, тире и дефис) служат своего рода кодом, при помощи которого пишущий стремится зафиксировать на письме свою мысль таким образом, чтобы максимально точно донести ее до читателя. О том же Чехов говорил, что знаки препинания служат нотами при чтении. Хрестоматийные примеры: казнить нельзя помиловать, поставить статую золотую пику держащую и т. п. Ср. Наташина подруга  — отличница и Наташина подруга-отличница. В первом случае перед нами предложение, а во втором только словосочетание. 

Вы совершенно правы. Корректны варианты: Мы далеки от понимания механизмов, лежащих в основе процесса; Механизмы, лежащие в основе процесса, ещё не изучены и т. п. 

См. ответ доктора филологических наук М. Я. Дымарского на вопрос № 321750. Добавим, что слово просьба — примета разговорной речи. Объявления с ним обычно понимаются однозначно, но иногда могут толковаться самым различным образом (увы, авторы даже не подозревают об этом). Например, объявление Просьба нашедшего вернуть за вознаграждение может быть понято совсем не так, как это задумано автором. Фраза в брачном объявлении просьба женатых не беспокоить толкуется двояко. Вывод: предложения, в которых употреблен не глагол просим (прошу), а существительное просьба, могут оказаться некорректными с точки зрения лексических и грамматических норм русского языка.

Запятые нужны: Александр, с его болезненной ревностью, часто держал меня взаперти. Ладога, с ее частыми штормами, опасна... Обычно обособляются несогласованные определения, дополняющие или уточняющие представление о лице либо предмете, который сам по себе (без определения) достаточно конкретен, уже известен. В этой роли выступают имена собственные (они выделяют лицо-предмет из ряда подобных), названия лиц по степени родства (тоже конкретное выделение), по занимаемому положению, профессии, должности (то же самое), личные местоимения (указывают на лицо, уже известное из контекста). В рассматриваемых предложениях несогласованные определения относятся к именам собственным (Александр, Ладога).

Сочетание того же цвета играет роль несогласованного определения при местоимении нечто и обособляется потому, что при нем уже есть согласованное определение (плавно летящее). Перед словом что запятая ставится, чтобы отделить части сложноподчиненного предложения: слово что здесь равнозначно слову какой, оно выражает отношения сходства или соответствия тому, что считается нормальным, обычным (сравним примеры, приведенные в параграфе 2910 академической «Русской грамматики»: Мысли были все те же, что в прошлую ночь...; Малинин испытал то же чувство, что и многие люди, сражавшиеся в те дни под Москвой). Вводное сочетание скорее всего не отделяется запятой от поясняющего приложения чайка (оно поясняет неопределенное местоимение нечто): Пейзаж дополняло нечто плавно летящее, того же цвета, что и небо, скорее всего чайка. Как вариант, можно отделить это приложение с помощью тире — в таком случае перед этим тире нужна запятая, закрывающая придаточную часть, и вводное сочетание внутри пояснительной конструкции также выделяется запятой: Пейзаж дополняло нечто плавно летящее, того же цвета, что и небо, — скорее всего, чайка.