Вы совершенно правы. Корректны варианты: Мы далеки от понимания механизмов, лежащих в основе процесса; Механизмы, лежащие в основе процесса, ещё не изучены и т. п.
Последние ответы справочной службы
Запятая не нужна, поскольку сравнительный оборот выполняет в предложении функцию сказуемого.
Страница ответаДа, точка после скобки ставится. Точка внутри скобок служит знаком сокращения слова год, точка после скобки — знаком конца предложения.
Страница ответаПредложение не вполне понятно без контекста.
Страница ответа