1. Чтобы ответить на этот вопрос, нужно знать происхождение фамилии. Если это французская фамилия с ударением на -а, она не склоняется. Если ударение падает на о или если ударение падает на -а, но фамилия не французского происхождения, она склоняется (и мужская, и женская).

2. Да, это ошибка, причём весьма распространенная. Часто не склоняют и фамилию Данелия. Но это нарушает литературную норму: грузинские фамилии на -ия в русском языке склоняются.

Подобное построение диалога не описано в справочных пособиях, но приведенный Вами вариант не нарушает правил пунктуации. Правда, обилие тире (ведь и в самой прямой речи тоже есть тире, поставленное на других основаниях) может несколько затруднить восприятие текста. Может, объединить слова автора и тем самым сократить число тире? Например, так:

— Постарайся его приручить! — смеётся бабушка, поглаживая рояль. Она показывает на клавиатуру: — Чёрно-белые зубы, которые он оскаливает, — это приветливая улыбка.

Написание каждого слова в названии организации с прописной буквы, разумеется, нарушает орфографическую норму русского языка. Конечно, если в таком виде (каждое слово с прописной) название уже зафиксировано в уставных документах организации, то в деловой документации, связанной с  деятельностью компании, такого написания надо придерживаться. Но в другого рода текстах (в том числе в газетной статье, посвященной данной организации) следует руководствоваться правилами русского правописания и писать: Инженерный центр новых технологий.

В новых словарях тоже зафиксировано Великое княжество Литовское (например, в 4-м издании «Русского орфографического словаря», вышедшем в 2012 году). Т. е. орфографическая норма не менялась, написание слова княжество в этом сочетании с большой буквы нарушает норму. Княжество пишется с прописной только в официальных названиях современных государств (Княжество Монако).

Слово Острова пишется с прописной в официальных названиях государств, административных территорий: Республика Маршалловы Острова. В значении 'группа островов, архипелаг' слово острова пишется строчными: Маршалловы острова (архипелаг).

Здесь действует следующее правило.

При двух или нескольких управляющих словах общее зависимое слово допустимо тогда, когда каждое из управляющих слов требует того же падежа и предлога, например: читать и конспектировать книгу; подбирать и готовить кадры.

Наличие общего зависимого слова при различном управлении нарушает стилистическую норму, например: «с помощью и в сотрудничестве с местными организациями» (ср. правильный вариант: с помощью местных организаций и в сотрудничестве с ними).

Поэтому в Вашем случае верно: управление системой и контроль над ней. О предлогах при слове контроль см. в вопросе 277510.

Глаголы оздоровить, оздоровлять и оздоравливать не нарушают лексических и грамматических норм русского языка. В современной речи употребляются выражения с глаголом совершенного вида; например, оздоровить свой сон, обрести внутреннее равновесие и оздоровить отношения с окружающими, оздоровить экономику. Глагол несовершенного вида оздоравливать встречается в таких оборотах, как оздоравливать организм / систему / хозяйство / почву / растения / сорта и др. Глагол оздоравливать представлен в нескольких словарях русского языка, в частности в 17-томном академическом «Словаре современного русского литературного языка», показан этот глагол и в «Большом академическом словаре русского языка».

Согласно толковым словарям русского языка, первое (основное) значение глагола встретить – 'увидеть кого-либо, что-либо (идя или придя куда-либо); натолкнуться, наткнуться на кого-либо, что-либо где-либо'. Как видите, встретить можно не только «кого-либо», но и «что-либо». Встретил автобус, встретил стаю собак – корректно.

Запятая перед какой не нужна. В сокращении т. е. необходимо поставить пробел.