Таких слов множество. В частности:

аноа, нескл., м.

бальбоа, нескл., с. (ден. ед.)

боа, нескл., с. (меховой шарф) и м. (удав)

лофохлоа, нескл., с.

метазоа, нескл., мн.

моа, нескл., м.

ВИА, нескл., м. (сокр.: вокально-инструментальный ансамбль)

массмедиа, нескл., мн.

кеа, нескл., м. (попугай)

амплуа, нескл., с.

буржуа, нескл., м.

Галуа, нескл., м.: теория Галуа

гохуа, нескл., ж. и с.

кечуа, неизм. и нескл., м. (язык) и нескл., мн., ед. м. и ж. (народ)

легуа, нескл., с.

октруа, нескл., мн.

па-де-труа, нескл., м. и с.

патуа, нескл., с.

Здесь как раз все последовательно, никаких метаний. Авторы консервативно предлагают не увеличивать имеющееся количество корней с Э, справедливо предполагая, что новые для русского языка слова имеют тенденцию к освоению и смягчению, нельзя чисто орфографическим путем лишать их шанса фонетически освоиться в будущем. Учитывается при этом, что в русском языке множество заимствованных слов уже пишутся с Е после твердого согласного, и таких слов куда больше, чем слов с Э. Иначе и слово "бутерброд", и "компьютер"  нужно писать с ТЭ... Напомним также и о некогда бытовавшем (полустихийном) написании "плэйер".

Ср.:

Большой толковый словарь русского языка

ИЗБЫТОК, -тка; м. 1. То, что превышает потребность в чём-л.; излишек. И. хлеба. И. кирпича. И. солнца. И. влаги. В избытке, с избытком (в большом количестве). Почва, луга, в избытке насыщенные весенней водой. Хлеба осталось с избытком. 2. Обилие, полнота, множество. И. сил, чувств, счастья, горя. // Устар. Достаток, богатство. Лучше быть в избытке, чем терпеть недостаток.

ПЕРЕИЗБЫТОК, -тка; м. Разг. Чрезмерный избыток чего-л. П. топлива. П. информации. В нём чувствуется п. сил и здоровья. П. молодых сил. П. чувств.

Игорь, приведенный Вами пример можно оставить и без частицы НЕ, при этом неоднозначность не исчезнет: Ураган вызвал шторм. Так что такая версия вряд ли обоснованна. Напротив, старая норма предписывала использовать только родительный падеж при отрицании в подавляющем большинстве случаев.

Сама грамматическая проблема выбора падежа довольно сложная, имеет долгую историю. На эту тему существует множество научных исследований. Библиографию можно найти, например, в следующем издании: Граудина Л. К., Ицкович В. А., Катлинская Л. П. Словарь грамматических вариантов русского языка. М., 2008. С. 44-45.

А здесь - о современном употреблении: http://gramota.ru/spravka/letters/?rub=otr

Основным значением форм мн. числа считаемых существительных является обозначение реальной расчлененной множественности предметов, противопоставленное их единичности: дома, медведи, глаголы и т. д. Кроме того, формы множественного числа могут обозначать абстрактное множество. Такое значение в частности имеют управляемые существительные в словосочетаниях, где в роли главного слова выступают существительные с количественным значением: тысяча градусов, миллион градусов, ноль градусов и т. п. Ср.: ноль процентов, ноль баллов, ноль целых и т. п. Существительные в род. падеж мн. числа в этих словосочетаниях обозначают единицы измерения, которые мыслятся как совокупность некого абстрактного множества.

Такого правила не существует (во всяком случае, нам оно неведомо). Можно говорить разве что о традиции, которая возникла, вероятно, по двум причинам: во-первых, практически все женские имена в русском языке заканчиваются на -а, -я, то есть это является их отличительным признаком; во-вторых же, добавление гласного к именам, в оригинале оканчивающимся на глухой согласный, удобно в целях благозвучия, легкости произнесения. При этом в современной практике употребления существует множество иностранных женских имен, которые оканчиваются на согласный: Клер, Джун, Эдит, Ирен и т. п.

К японскому имени Карин точно не стоит добавлять -а, дабы оно не совпало с именем Карина, имеющим иное происхождение.

Вы правы в том, что кавычки употреблены неудачно. Если их и ставить, то закрыть нужно после фамилии. Однако при употреблении названия не в юридических документах в форме школа № 2129 имени Героя Советского Союза П.И. Романова кавычки не нужны вообще. 

Ответ департамента образования тоже верен: нормы употребления кавычек не устанавливаются законодательно. Как записали название в уставе, так и будет оно воспроизводиться во всех документах. Чтобы изменить название, нужно произвести сложные юридические действия, на это нужна добрая воля руководителя организации и его руководства. Изменение даже только кавычек в названии влечет за собой множество юридических проблем, поэтому обычно названия сохраняют в том виде, в котором они уже закреплены.

В свежем номере газеты читаем: «Инспекторы ГАИ обратили внимание на новую категорию участников дорожного движения — пользователей СИМ». В другом издании недавно сообщили: «По уровню ответственности ездоки на СИМ, по сути, приравниваются к автомобилистам». Добавим: аббревиатура СИМ тоже новая, и, как видим,  авторы пока не склонны ее склонять и использовать для обозначения одного предмета (лишь в этом случае возникает вопрос о родовой принадлежности сокращения). Если рассуждать о возможных будущих речевых случаях, то очевидно, что аббревиатура СИМ при указании на разные средства (на множество средств) должна изменяться по падежам точно так же, как сущестительные мужского и среднего рода в форме множественного числа. Если упоминание СИМ будет подразумевать одно средство, то опорное существительное закономерно предполагает и трактовку аббревиатуры как существительного среднего рода.

В этом как раз проявляется интересное и сложное взаимодействие принципов русской пунктуации: ведущим принципом является грамматический, а интонационный действует как второстепенный и может нарушаться в пользу грамматического. Запятая в предложениях типа Он найдёт его, только если утонет ставится вопреки интонации.

Н. С. Валгина пишет: «Можно было бы отметить и множество других случаев, когда принципы интонационный и грамматический не совпадают и когда в итоге интонационный принцип уступает место грамматическому. Например, на стыке подчинительных союзов, при вводных словах, стоящих после союзов, при деепричастном обороте и придаточной части предложения, относящейся к причастию и т. д. Все они объединяются в две группы: а) знак стоит там, где нет паузы, и б) пауза есть там, где нет знака».

В предложениях типа Написала в личку, чтобы флуда не было запятую нужно поставить. Правила не дают нам оснований снять знак.