Противоречие можно объяснить тем, что в толковании слова устный Вы не найдете слова уста. Морфемный словарь следует формальному критерию: если этимологически близкого слова нет в толковании, то корни будут разными. Как нам кажется, в случае со словом устный этим формализмом можно было бы пренебречь. Впрочем, Вы можете ориентироваться и на рекомендации словаря, почему нет?

Ни в одном справочнике нам не удалось найти оснований для того, чтобы не ставить запятую.

В справочнике Розенталя указано, что усилительные частицы не отделяются запятой от вводных слов. Но так в данном случае не усилительная частица. Здесь она имеет значение 'следовательно, значит, стало быть'. Кроме того, вводное слово в Вашем примере легко переставить или изъять.

«Решает», какого рода то или иное слово, язык. Грамматические свойства слов формируются в языке естественным путем, лингвисты фиксируют сложившиеся нормы и могут с помощью кодификации (фиксации в нормативных источниках) немного направлять этот процесс, но только в рамках возможностей, которые дает нам язык. Мы можем сказать моя коллега, но сочетание красивый модель невозможно. Язык сделал выбор. 

Поскольку кавычками выделяются слова непривычные, малоупотребительные, на которые автор хочет обратить внимание (Петушков «стрепенулся», а солдат вытянулся, пожелал  ему  «здравья» и вручил ему большой пакет, запечатанный казённой печатью), то, как нам представляется, в тех случаях, когда значение слова сидор прояснено контекстом (солдатский сидор, мешок-сидор), кавычки не нужны, хотя и возможны.  

Слово подводка в значении 'подводная лодка' нужно было употребить в сочинении в том случае, если в тексте, который комментирует автор сочинения, употребляется именно это слово. В толковых словарях, доступных нам, существительное подводка в значении 'подводная лодка' не зафиксировано. Слово подлодка имеет разговорную стилистическую окраску, поэтому в сочинении оно нежелательно, предпочтительнее использовать названия без разговорной окраски.

Словарной фиксации нет. Слово это недавно пришло к нам из английского языка; английские заимствования очень часто сначала сохраняют ударение языка-источника, а освоившись в языке, меняют место ударения. Ср.: ноутбук > ноутбук, бобслей > бобслей, маркетинг > маркетинг. Зная эту закономерность, можно говорить о предпочтительности на первых порах ударения шугаринг (слово еще недостаточно освоено русским языком).

Слово минет входит в состав русского литературного языка, оно получило словарную фиксацию и в толковых словарях, и в словарях иностранных слов. В отличие от него, существительное ланет менее употребительно и в доступных нам словарных источниках не отмечено. Однако некоторые словари (например, «Толковый словарь иноязычных слов» Л. П. Крысина) фиксируют его более употребительный синоним – куннилингус.

Однозначный ответ дать нельзя, поскольку в русистике это вопрос дискуссионный. В одних лингвистических концепциях эта часть слова признается формообразовательным суффиксом, в других – окончанием. Поэтому в разных учебниках и справочниках может быть написано по-разному. В официальных пособиях для школьников, сдающих ЕГЭ, в основном -ть выделено как окончание, пишет нам посетитель форума «Грамоты.Ру» с ником Эмилия.