Оплатить – то, за что платят: учебу, поездку, лечение, услуги... Уплатить – то, что платят: взнос, штраф, пени...

Правильно: уплатить страховую премию. Оплатить – то, за что платят: учебу, поездку, лечение, услуги.  Уплатить – то, что платят: взнос, штраф, пени.

Терминологическое сочетание мужского рода в этих предложениях играет роль именной части составного именного сказуемого: Слово «день» мужского рода. В параграфе 5.10 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя указано, что в таких случаях тире обычно не ставится (сравним приводимые там примеры, подобные Вашему: Небо без единого облачка; Люди здесь необыкновенной доброты), однако существуют условия для его постановки, например логическое и интонационное членение предложения или параллелизм строения его частей, сравним: Слово «день» — мужского рода, а «ночь» — женского.

Прилагательное эпидемиальный в нормативных словарях русского языка не зафиксировано. Есть прилагательные эпидемиологический (от эпидемиология – раздел медицины, изучающий эпидемические заболевания, их лечение и профилактику) и эпидемический (от эпидемия). Правильно: эпидемические вспышки.

В орфографии и школьной традиции в слове предлагать выделяется корень с чередованием -лаг- (ср. предложить), соответственно пред- рассматривается как приставка (см., например, здесь). Безусловно, такое членение на современном этапе развития русского языка можно поставить под сомнение, есть основания выделять корень предлаг-. Составители пособия следуют за школьной традицией. 

С проблемами морфемного членения мы сталкиваемся и при разборе слова воплотить. Связь с родственным словом плоть не является очевидной. Однако если иметь в виду, что плоть понимается не только как 'тело живых существ', но и как 'материальное воплощение, проявление в вещественных образах, формах' (см. словарное толкование), то становится понятно, что в слове воплотить выделяется корень -плот-. 

Прекрасная идея! Правила орфографии и пунктуации не идеальны, но есть и хорошая новость: они за последние два-три столетия существенно улучшились (как раз благодаря названным Вами ученым-лингвистам). 

Однако знаки препинания - это инструменты письменной речи. Они помогают точнее воспроизвести речь звучащую (паузы, интонации, логическое членение и т. д.). А вот "дважды два" - не инструмент. Согласны? В хозяйстве разные инструменты нужны, и разные возможности их использования. Так и с запятыми: есть разные возможности (иногда один инструмент можно заменить другим, отвертку - шуруповертом), есть гибкие правила использования. 

Сравните с нотной записью: одну и ту же мелодию можно записать чуть по-разному.

Пунктуационная ситуация, о которой Вы спрашиваете, в правилах не описана. Если союз или используется для связи слов внутри однородных компонентов предложения, в свою очередь связанных союзом либо, то, на наш взгляд, лучше запятую перед либо поставить. Это позволит читателю безошибочно воспринять смысл фразы.  

Следует писать раздельно. Не вполне понятно, что значит "сотрудничать с планом"?

Оплатить – то, за что платят: учебу, поездку, лечение, услуги... Уплатить – то, что платят: взнос, штраф, пени... Из приведенных Вами вариантов надо выбрать уплачивается, а еще лучше – написать выплачивается. Обратите внимание: правильно по завершении отчетного периода.