Запятая нужна, а вот второе тире при приложении не ставится, оно поглощается этой запятой: ...братья нашли своего настоящего отца — Дмитрия, который исчез из их жизни, когда те ещё были детьми.

В художественной литературе можно встретить примеры, подтверждающие возможность такого употребления; ср.: «Приятели Дмитриева по КПЖ (клуб полуженатиков), к которым Дмитриев кидался в минуты отчаянья, когда ссорился с Леной, были люди малоимущие — их состояния заключались у кого в автомобиле, у кого в моторной лодке, в туристской палатке, в бутылках французского коньяка или виски...» [Юрий Трифонов. Обмен].

Постановка знаков препинания при сочетании на самом деле зависит от его значения, позиции, функции в предложении. Так, если на самом деле относится к какому-то одному слову и выполняет функцию усилительной частицы, оно не выделяется запятыми: Далекие, чужеродные, словно на самом деле (= действительно) иноземцы, сидели за столом Анискин и Лука… (В. Липатов). Не выделяется оно и в том случае, если употребляется для противопоставления «внешнего» и «внутреннего»: Я ответил, что совершенно не пугаюсь. Но на самом деле (= в действительности) мне было и страшно и обидно за нашу Землю (К. Паустовский). Если сочетание на самом деле относится ко всему предложению и имеет значение «собственно говоря, в самом деле», то оно выделяется запятыми как вводное: Что еще, на самом деле, человеку надо? (А. и Б. Стругацкие). 

Исследователи отмечают, что в современной устной речи сочетание на самом деле имеет нечеткое значение, которое трудно соотнести со значениями, приводимыми в справочниках и словарях, и часто служит заполнителем вступительной паузы, во время которой говорящий подбирает слова. Е. Ю. Викторова в своей статье приводит примеры из телепрограмм: Я хочу себя изменить. На самом деле я не знаю, как это сделать (Модный приговор. 27.09.2013); На самом деле, просто нет слов, очень неожиданно для нас (Ледниковый период. 29.12.2013) и др. Есть основания полагать, что в приведенном Вами примере как раз такое употребление сочетания на самом деле. Его пунктуационное оформление в этом случае неустойчиво, однако, поскольку «примеры из художественной литературы показывают, что слова «на самом деле» в подавляющем большинстве случаев не обособляются» (см. наш «Справочник по пунктуации»), мы бы не рекомендовали выделять его запятыми. 

По нашему мнению, оборот с лишним обладает только основным значением "превышающий указанную точную величину на какую-то часть". Оттенки значения, о которых Вы говорите, возникают в контексте.

Кавычки в данном случае излишни, однако текстовые примеры принято выделять курсивом или полужирным шрифтом.

У Вас получилось следующее: ...стране, где... все модели отмечены таким-то знаком. Вы этого добивались?

Потому что это не профессионализм.

Если слова я думаю относятся и к предложению домашние это заметят уже скоро, и к предложению вы продолжите прерванный курс лечения, то запятая не нужна.