Такие предложения допускают двоякую трактовку.

Первая: занятие — подлежащее, рыбачить — сказуемое. Такое чтение опирается на порядок слов, который отражает смысловое развертывание (тема воспринимается как подлежащее, рема — как сказуемое).

Вторая: противоположная. Дело в том, что грамматическим признаком именного сказуемого является его способность принимать форму не только именительного, но и творительного падежа. Именно эту способность демонстрирует занятие: Моим любимым занятием было рыбачить по утрам.

Тот факт, что в теме предложения при этом оказывается не подлежащее, а сказуемое, нисколько не противоречит всему, что мы знаем об актуальном членении предложения: в теме может оказаться что угодно.

Первую, преимущественно коммуникативную, трактовку можно рекомендовать для знакомства с предложением на элементарном уровне; вторую же, преимущественно грамматическую, — для тех, кому не лень разбираться в тонкостях.

1. Вы правы, корректно с запятой. Обратите внимание, учебный год принято писать через слеш: В новом, 2018/2019 учебном году.

2. В штате ИП Ивановой И.И. или привлеченных ею на ином законном основании педагогических работников...

3. К сожалению, требования ЕГЭ в отношении орфоэпических норм бывают более строги, чем предписания нормативных словарей. Вариант перчИть как неправильный фиксировался в словаре-справочнике «Русское литературное произношение и ударение» 1959 г. «Словарь трудностей русского языка. Ударение. Грамматические формы» Н. А. Еськовой 2014 г. допускает два варианта: пЕрчить и перчИть. При этом первый отмечается как предпочтительный. В «Словаре ударений русского языка» И. Л. Резниченко 2015 г. пЕрчить и перчИть уже представлены как равноправные варианты. То же в «Словаре трудностей русского языка для работников СМИ» М. А. Штудинера 2016 г., однако в эфире этот словарь рекомендует отдавать предпочтение ударению на первом слоге.

В первом примере составное именное сказуемое (нулевая связка + вредить). Во втором примере составное именное сказуемое (нулевая связка + страсть). Второй пример представляет собой предложение-перевертыш: кажется, будто подлежащее страсть, но в прошедшем времени оказывается, что синонимичны варианты Моя страсть была читать книги и Моей страстью было читать книги. А чередоваться (даже конкурировать!) с творительным может только именительный предикативный — в сказуемом.

О способности инфинитива служить именной частью сказуемого можно прочитать, например, в книге П. А. Леканта «Типы и формы сказуемого в современном русском языке» (последнее по времени переиздание — М., 2017).

Приводим формулировки правил.

В названиях, начинающихся на Северо- (и Северно-), Юго- (и Южно-), Восточно-, Западно-, Центрально-,  с прописной буквы пишутся (через дефис) оба компонента первого сложного слова, напр.: Северо-Байкальское нагорье, Восточно-Китайское море, Западно-Сибирская низменность, Центрально-Черноземный район, Юго-Западный административный округ. Так же пишутся в составе географических названий компоненты других пишущихся через дефис слов и их сочетаний, напр.: Индо-Гангская равнина, Волго-Донской канал, Военно-Грузинская дорога, Алма-Атинский заповедник.

В названиях учреждений, организаций, начинающихся географическими определениями с первыми компонентами Северо- (и Северно-), Юго- (и Южно-), Восточно-, Западно-, Центрально-, а также пишущимися через дефис прилагательными от географических названий, с прописной буквы пишутся, как и в собственно географических названиях, оба компонента первого сложного слова, напр.: Северо-Кавказская научная географическая станция, Западно-Сибирский металлургический комбинат, Санкт-Петербургский государственный университет, Орехово-Зуевский педагогический институт, Нью-Йоркский филармонический оркестр.

Прилагательные, образованные от географических названий, пишутся с прописной буквы, если они являются частью составных наименований – географических и административно-территориальных, индивидуальных имен людей, названий исторических эпох и событий, учреждений, архитектурных и др. памятников, военных округов и фронтов. В остальных случаях они пишутся со строчной буквы. Например: северокавказская природа и Северо-Кавказский регион, Северо-Кавказский военный округ.

См.: Правила русской орфографии и пунктуации. Полный академический справочник / Под ред. В. В. Лопатина. М., 2006 (и более поздние издания).

Переход причастий в прилагательные является одним из видов адъективации.

См. «Словарь-справочник лингвистических терминов» Д. Э. Розенталя и М. А. Теленковой:

«Чаще всего переходят в прилагательные страдательные причастия прошедшего времени (изысканный вкус, молотый кофе), настоящего времени (несклоняемые существительные, невидимая сторона Луны), действительные причастия настоящего времени (блестящие способности, цветущий вид), реже — прошедшего времени (опухшее лицо, раскисшая дорога). Признаком окончательной адъективации может служить изменение ударения; ср.: приближенный (причастие) − приближённый (прилагательное).

Переходят в прилагательные также некоторые местоимения, порядковые числительные. Оратор я никакой, между двумя словами перерыв обеденный (Гранин). А еще первые бойцы улицы считаетесь (Горький)».

Слово немец образовано от древней праславянской основы *nemъ, к которой восходит и прилагательное немой. В древнерусском языке немъ, немый означало не только 'лишенный способности говорить', но и 'говорящий непонятно, неясно'. Немцами поэтому на Руси сначала называли всех иностранцев (т. е. всех, кто говорил на непонятном языке), затем – только европейцев. В словаре Даля указано: немец –  не говорящий по-русски, всякий иностранец с запада, европеец (азиаты – бусурмане); в частности же, германец.

Со временем значение слова немец еще более сузилось и стало обозначать только жителя Германии, представителя немецкого народа. Таково и современное значение этого слова. Слово  германцы тоже входит в состав современного русского литературного языка, однако употребляется в значении 'древние племена, населявшие центральную, западную и юго-западную Европу; люди, принадлежащие к этим племенам'.

Ваше толкование этих слов не вполне верно. Да прибудет означает «пусть придет, увеличится», а да пребудет - «пусть будет (с кем-то), не покинет (кого-то)». Подробнее о значениях слов прибыть и пребыть можно прочесть в толковых словарях, в том числе на нашем портале.

Слово немец образовано от древней праславянской основы *nemъ, к которой восходит и прилагательное немой. В древнерусском языке немъ, немый означало не только 'лишенный способности говорить', но и 'говорящий непонятно, неясно'. Немцами поэтому на Руси сначала называли всех иностранцев (т. е. всех, кто говорил на непонятном языке), затем – только европейцев. В словаре Даля указано: немец –  не говорящий по-русски, всякий иностранец с запада, европеец (азиаты – бусурмане); в частности же, германец.

Со временем значение слова немец еще более сузилось и стало обозначать только жителя Германии, представителя немецкого народа. Таково и современное значение этого слова. Слово  германцы тоже входит в состав современного русского литературного языка, однако употребляется в значении 'древние племена, населявшие центральную, западную и юго-западную Европу; люди, принадлежащие к этим племенам'. Значение слова германцы 'немцы' устарело.

Сочетание прежде всего в значении 'в первую очередь' не является вводным: Университеты нашей цивилизации — удивительные организмы, и прежде всего они удивительны своей способностью жить гораздо дольше человеческого века.