Ответы справочной службы
Прописные буквы заменяются строчными, если перед перечислением стоят знаки двоеточие или тире (впереди имеется обобщение). В приведенном Вами отрывке знаков двоеточия или тире перед перечислением нет, поэтому такое написание со строчными буквами не соответствует современной пунктуационной норме.
Если вводное слово стоит в начале обособленного оборота – запятые ставятся перед вводным словом и после всего обособленного оборота. После вводного слова запятая не ставится. Поэтому верно: СБУ углядело в действиях "тоталитарного режима", надо полагать российского...
Справочники
НАДО ДУМАТЬ / ПОЛАГАТЬ, вводное сочетание То же, что «может быть, по всей вероятности». Подробно о пунктуации при вводных словах и сочетаниях см. в Прил. 2. Ну, вот и ревизор! что ж что ревизор! нет, кабы вот Павла Трофимыча Перегоренского к ревизии допустили – этот, надо думать, обревизовал бы! М. Салтыков-Щедрин, Приезд ревизора. Тобольский купчишка, надо думать, обманул своих… П. Бажов, Дорогой земли виток. Надо ...
...НАДО ДУМАТЬ / ПОЛАГАТЬ, вводное сочетание...
... Надо полагать, между ним и Варварой велись одновременно...
...nbsp;Окажись у этой сцены свидетель, он, надо полагать...