В этом предложении сочетание как обычно тесно связано по смыслу со сказуемым и не является вводным (см. «Справочник по пунктуации»). После этого сочетания, между частями бессоюзного сложного предложения, возможны разные знаки (тире, запятая, двоеточие), но для выражения пояснительных отношений (если вторая часть отвечает на вопрос Что значит «как обычно»?) наиболее уместно двоеточие: Ты не переживай, делай как обычно: с тебя заполнение таблицы.

Слово онлайн-заполнение еще не зафиксировано словарями, но его появление вполне закономерно по аналогии с онлайн-общение, онлайн-голосование, поэтому рекомендуем: онлайн-заполнение заявок.

Если речь идет исключительно об онлайн-заявках, то лучше написать: заполнение онлайн-заявок. 

Запятая нужна, поскольку это сложносочиненное предложения без общих для обеих частей членов предложения.