директорат, -а
Директория, -и (центральный орган власти, напр. во Франции 1795–1799)
Ответы справочной службы
Все названные Вами слова и сочетания пишутся строчными буквами, кроме тех случаев, когда большая буква обозначает "условное" значение термина, например: ...председатель правления, далее - Председатель...
С точки зрения грамматики все просто: вторая часть таких названий, представляющая собой склоняемое нарицательное существительное, должна склоняться. Это привычно для слуха.
А вот написание с пробелом действительно воспринимается плохо на фоне привычных аббревиатур и составных слов с первой неизменяемой частью - приложением. И если "АКБ Банк" можно превратить в банк "АКБ", то с названием "Газпром нефть" такая трансформация не получается (и хочется ожидать слитного написания).
Запятые расставлены верно.