В этом предложении оборот с союзом как имеет значение приравнивания, отождествления (не сравнения), запятая перед ним не ставится.

Использование латиницы само по себе является достаточным средством выделения, поэтому кавычки для названий, написанных латиницей, не используются. См. наш материал «Как правильно употреблять кавычки в собственных наименованиях».

Когда речь идет о названиях компаний, брендов и других именах собственных, оформленных латиницей, то их первое слово следует писать с прописной буквы. 

1) Оба варианта — "тех, которые" и "тех, которых" — грамматически  корректны, выбор зависит от контекста. 2) Предложение построено неудачно, так как неясно, к какому существительному (товары или бренды) относится определительное придаточное. 

Написание с прописной нарицательных существительных, используемых не в своем обычном значении, потерявших свое прямое значение, регламентировано для имен людей (Ричард Львиное Сердце) и составных географических названий (Кузнецкий Мост, Ясная Поляна). Написание Волшебная Печенька соответствовало бы правилу, если бы это сочетание было прозвищем или географическим названием, например: деревня Волшебная Печенька. 

Название сети магазинов орфографически правильно было бы писать «Волшебная печенька» (независимо от ассортимента их товаров), но при этом приходилось бы учитывать, в каком виде зарегистрировано название торговой марки, и сохранять это написание в официальных документах.

При передаче официально зарегистрированных наименований необходимо придерживаться той письменной формы, в которую облекли такое наименование его создатели. 

Слово, написанное заглавными буквами, не всегда является аббревиатурой. Например, в названиях компаний, брендов, в именах собственных использование заглавных букв может быть обусловлено требованиями уникальности и узнаваемости (самый распространенный пример — названия морских и воздушных судов). Также в различных областях науки и техники могут использоваться специфические термины, написанные заглавными буквами, которые не являются аббревиатурами. За более подробной информацией можно обратиться к словарям и справочникам по русскому языку, а также к специализированной литературе в соответствующих областях знаний.

Сочетание Brand One и Brand Two — поясняющее приложение к сочетанию двух брендов. Поясняющее приложение нужно выделить парными запятыми или тире.

Предполагаем, что специалисты по ономастике уже нашли термин, обозначающий практику использования коммерческих названий, похожих на брендовые наименования. Поскольку нам этот термин пока не известен, то допускаем возможность употребления неологизмов, способных выразить идею ложного дублирования коммерческих имен; ср.: коммерческая квазиноминация, квазинаименования, квазиназвания.

Вы задаете проблемный вопрос. Специальных правил для написания и произношения названий брендов нет. В словарях собственных имен некоторые названия фиксируются, см., например, ресурс «Проверка слова».

Языковая логика подсказывает, что названия должны подчиняться правилам. Однако отступления от правил в их форме не редкость. Иногда это сознательные приемы, языковая игра. Встречаются и банальные ошибки.