Сочетание я думала употреблено здесь в функции вводного, оно имеет модальное значение «неуверенность, предположение» и тесно примыкает к союзу а, находящемуся в начале предложения. Таким образом, корректно: А я думала, сова.
Такое тире может быть поставлено для подчеркивания, акцентирования поясняющих членов предложения, расположенных в конце предложения.
1. В справочниках не сформулировано правило о том, с какой буквы должна начинаться прямая речь, если она включается в текст как член предложения. Примеры приводятся разные, в частности: Это «не хочу» поразило Антона Прокофьевича; Он вспомнил пословицу «За двумя зайцами погонишься — ни одного не поймаешь» и отказался от первоначального плана; С криком «Спасайте детей!» юноша бросился в горящее здание (примечание к параграфу 50 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя). Вопрос остается, видимо, на усмотрение автора текста. Добавим лишь, что если с помощью знака конца предложения (восклицательного, вопросительного знака, многоточия) передается интонация прямой речи, то естественно было бы начать ее с прописной буквы, чтобы представить как законченное предложение: Братья разворачиваются и уходят, и вслед им летит громогласное «Не смейте оставлять нас здесь!». Что касается двоеточия, то оно здесь совершенно точно не нужно.
2. Слово прощай может быть представлено и как нечленимое предложение, сказанное с определенной интонацией, и как слово, поэтому корректны разные варианты его оформления.
3. После тире ставится именно точка, потому что авторские слова, стоящие после прямой речи, представляют собой отдельное предложение. См. подробнее ответ на вопрос № 325744.
Строгих норм на этот счет не существует. Вы совершенно правы: повтор возможен, если он не мешает восприятию.
Нормативными словарями такое слово пока что не зафиксировано, поэтому нельзя признать ошибочным ни один из вариантов его написания. Однако мы бы рекомендовали слитное написание, так как с точки зрения русского языка в этом слове не выделяется ни одной самостоятельно употребляющейся части.
Среди правил пунктуации нельзя выбрать более важные и менее важные. В рамках школьной программы изучают правила постановки тире и двоеточия в бессоюзном сложном предложении, при однородных членах с обобщающим словом, тире между подлежащим и сказуемым.
Запятая не поставлена, очевидно, потому, что автор счел обстоятельство в это время относящимся к обеим частям сложносочиненного предложения.
 
                        