Интересующий Вас вопрос подробно освещен в первой главе монографии «Норма и произношение в узусе и кодификации».

Поскольку филиал — это подразделение компании, писать это слово с прописной буквы нет оснований: директор филиала в г. Москве.

Корректно: филиал "Завода", филиала "Завода", филиалу "Завода". 

Если Вы имеете в виду часть наименования после тире, то слово филиал следует использовать в том же падеже, что и слово мастерские.
И. п.: Механические мастерские – филиал федерального государственного казенного учреждения.
Р. п.: Механических мастерских – филиала федерального государственного казенного учреждения.
Д. п.: Механическим мастерским – филиалу федерального государственного казенного учреждения.
В. п.: Механические мастерские – филиал федерального государственного казенного учреждения.
Т. п.: Механическими мастерскими – филиалом федерального государственного казенного учреждения.
П. п.: (О) механических мастерских – филиале федерального государственного казенного учреждения. 

Запятые не нужны, однако предложение лучше перестроить: С целью контроля за соблюдением порядка использования радиочастотного спектра и радиоэлектронных средств Управлением (каким?) была направлена в Управление по Воронежской области филиала ФГУП ГРЧЦ в ЦФО заявка на проведение внепланового мероприятия по радиоконтролю. 

Для постановки запятых в этом предложении нет оснований.

Корректно: О списании основных средств Петровского щебеночного завода — филиала АО УБК. 

С тире запись выглядит как предложение с подлежащим Иванов Иван Иванович и сказуемыми руководитель, специалист. Тексты типа визитной карточки не принято формулировать как предложения, поэтому лучше обойтись запятыми: Иванов Иван Иванович, руководитель филиала, специалист по корпоративной этике.

Приложение Иванова Анна имеет уточняющий характер и должно быть обособлено запятыми или тире: 1) Одна из участниц совещания, Иванова Анна, не согласилась с общим решением; 2) Одна из участниц совещания — Иванова Анна — не согласилась с общим решением. См. пункт 2 параграфа 63 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.).

Вообще говоря, имя собственное не всегда имеет уточняющий характер по отношению к стоящему перед ним имени нарицательному. Например, возможны варианты: Моя сестра, Маша, сказала... и Моя сестра Маша сказала...; Директор филиала, И. И. Иванов, объявил... и Директор филиала И. И. Иванов объявил... Однако в Вашем случае возможен только вариант с обособлением, поскольку сочетание одна из участниц требует конкретизации.

Корректно: заведующего (чем?) Изобильненским филиалом.