Запятые не нужны, верно: Министерство как уполномоченный орган исполнительной власти сообщает следующее... Оборот с союзом как не выделяется, если передает значение 'в качестве' (= Министерство в качестве уполномоченного органа исполнительной власти сообщает следующее...).

В этом предложении союз как имеет значение «в качестве» (= в качестве уполномоченного органа), что не требует знаков препинания.

Дело в том, что оба глагола допустимы в таком высказывании, какое Вы процитировали. Поэтому проблему выбора слова надо решать с учетом того, какой конкретный смысл требуется выразить в конкретном тексте. Если имеется в виду сообщение сведений, то следует выбрать глагол представить. Если подразумевается передача сведений в чье-либо распоряжение, то эта идея передается глаголом предоставить. При поиске уточнений примите во внимание то, что употребление глаголов представить и предоставить неоднократно становилось предметом обсуждения в вопросах и ответах нашей справочной службы; необходимые разъяснения можно найти и в материалах словарей, размещенных на портале.

Правилен второй вариант. О согласовании подобного типа подробнее можно прочитать в «Письмовнике».

Если между однородными подлежащими стоит разделительный союз или и одно из подлежащих имеет форму множественного числа, сказуемое ставится во множественном числе: ...который установят правительство или региональные органы.