Это слово уже кодифицировано словарем «Новое в русской лексике»: бе́нто-то́рт, а. м. сущ. [бэ́].

Это неосвоенное, редко употребляемое слово, полукалька от английского bento cake (само слово bento пришло из японского). Поскольку слово употребляется редко и оно обозначает не очень распространенный, мало известный десерт, то и ударение сохраняется такое, как в английском на первом слоге (люди как бы произносят первую часть слова по-английски).

Второй вариант, конечно, ошибочен. Грамматика, вообще говоря, предназначена для описания грамматического строя языка, а не для объяснения ошибок, которые делают полуграмотные люди. Но объяснение, если угодно, может быть следующим.

Рассматриваемая конструкция представляет собой результат наложения двух предложений: сложноподчиненного и простого. В результате получается одно, похожее на простое, но простым не являющееся (оно остаётся сложноподчиненным).

Исходное сложноподчиненное должно выглядеть так:

Уже прошло два года, [с тех пор] как мы ездили на юг [последний раз].

Исходное простое — так:

Уже два года мы не ездили на юг.

В главной части сложноподчиненного предложения опускается глагол, остается Уже два года; из простого берется отрицание; от союза с тех пор как остается только как. В итоге получается довольно распространенная разговорная конструкция — первый вариант в Вашем вопросе.

Но союз как все-таки остается союзом и должен находиться в придаточной части. Сложноподчиненное предложение не допускает отрыва союза от придаточной части и переноса его в главную часть. В ошибочной фразе *Уже как два года мы не ездили на юг именно это и происходит. Это примерно то же самое, что сказать *Я если съем этот торт он с шоколадным кремом — при подразумеваемом Я съем этот торт, если он с шоколадным кремом.

Это объяснение сути ошибки. А вот объяснением того, почему, по Вашему мнению, в последнее время ошибочный вариант часто используется, занимается не грамматика, а социолингвистика.

В кулинарных руководствах можно найти такого рода описание: «Подают торт на стол на специальной подставке — тортнице, представляющей собой плоское круглое блюдо на высокой ножке, иногда с крышкой». Встречаются в печатных изданиях и тортовницы. Два словообразовательных варианта наименования, таким образом, сосуществуют.

Запятая нужна, так как это сложное предложение. 

Оба варианта корректны, но их употребление зависит от контекста: 1. Торт для праздника — это выражение подчеркивает, что торт предназначен специально для какого-то праздника. Оно указывает на целевое использование торта. 2. Торт на праздник — это выражение подчеркивает, что торт будет подан или использован на определенном празднике. Оно указывает на время или место, когда торт будет представлен или съеден. Таким образом, выбор между предлогами "для" и "на" зависит от вашего намерения акцентировать внимание на назначении или времени подачи торта.

Правильно: поставить торт на стол.

Запятая стоит верно.

Словари на нашем портале дополняют друг друга. Словарь ударений дает рекомендации для работников СМИ, он показывает единственный вариант произношения даже в тех случаях, когда нормативны два варианта. Такая словарная концепция обусловлена тем, что в эфире не должны звучать варианты произношения. Варианты отвлекают от содержания, создают ненужные трудности для слушающих. Отсутствие вариантов в словаре для СМИ избавляет редакции радио и телевидения от необходимости в каждом случае вариативности выбирать тот вариант, который будет звучать на данной радиостанции, на данном телевизионном канале. В орфографическом словаре ударение тоже представлено, и этот словарь показывает акцентологические варианты (то есть варианты ударения), которые находятся в пределах нормы. Однако в задачи орфографического словаря не входит дифференциация произносительных норм, то есть он не показывает, как распределяются варианты на шкале нормативности. 

Слово торт стоит в форме родительного падежа единственного числа и формально зависит от числительного два.

Такое употребление не вполне корректно, лучше написать: В основе — медовик или на основе медовика.