Оборот с предлогом несмотря на, стоящий не после глагола, обособляется, поэтому запятая в любом случае нужна. Второе тире при пояснительном обороте от рубок до создания лесных культур (он поясняет сочетание всех аспектов деятельности) опускается: Несмотря на значимость в лесном хозяйстве всех аспектов деятельности — от рубок до создания лесных культур, именно долгосрочное планирование определяет будущее отрасли.

Знаки препинания расставлены правильно. В предложении используется вставная конструкция, которая выделена с помощью парного тире; перед вторым из этих тире ставится запятая, закрывающая деепричастный оборот; слова таким как употребляется после обобщающего сочетания основы финансов перед рядом однородных членов, запятая между этими словами не ставится.

Корректно слитное написание: Планирование не только неудобно, но и мешает воплощению идей.

Если между однородными подлежащими разделительный союз (в данном случае или) и эти подлежащие относятся к одному грамматическому роду (среднему), сказуемое ставится в форме единстенного числа: Отсутствие планирования или нерегулярное, фрагментарное планирование увеличивает затраты.

Оба варианта возможны.

Это корректно в разговорной речи, однако предпочтительно произнесение в соответствии с названиями букв (в данном случае - "ка").

Правильно: на 1999–2001 годы.

Слитное написание слова таймлайн возможно. Но уверены ли Вы в том, что сочетание планирование задач в динамическом таймлайне будет понятно читателям?

Можно поставить точку или двоеточие.

Медиа... — первая часть сложных слов, пишется слитно.