Корректно строчными: стихотворения лицейского периода, лицейская лирика, стихотворения петербургского периода, стихотворения южного периода, период южной ссылки и т. д.

Основное орфоэпическое правило произношения буквенных аббревиатур таково: подобные сокращения должны произноситься с учётом официальных названий букв, то есть правильно пэ-эм-эф.

На наш взгляд, начальное сочетание согласных "пф" препятствует "звуковому" произношению (типа [пмэф]). Использование "разговорного" названия буквы М ([мэ]) в малоосвоенной лексике некорректно — подобное произношение иногда допускается только для частотных слов типа ГМО ([гэ-мэ-о], а не [гэ-эм-о]). Произношение же [эф] (вместо [ээф]) на месте букв ЭФ вполне допустимо для удобства произношения.

Нормативными словарями современного русского языка это слово не зафиксировано, однако обычно оно употребляется как слово женского рода (Начал концерт с калимбы, ее еще называют африканским ручным пианино [Петербургский пианист сыграл в мраморном каньоне Рускеалы // Vesti.ru, 07.09.2020]), что вполне естественно для заимствованных существительных, оканчивающихся на -а неударное. 

Не нужно обособлять обстоятельство уже с первых страниц романа и лучше использовать кавычки-елочки. Обратите внимание: слово петербургский нужно написать со строчной буквы, это слово не образует официальное название университета. Также важно, что с первых страниц романа мы знакомимся с героем, уже оставившим университет.

Различий нет, слово санкт-петербургский можно употреблять в любом контексте.